朱由检一直在等待一个彻底扳倒魏忠贤的契机。
终于，陆续有人上疏弹劾魏忠贤，工部主事弹劾他恩宠太盛，兵部武选司主事弹劾他横行无忌，刑部员外郎弹劾他生灵涂炭等，但这些都未达到朱由检的预期。
直到国子监监生钱嘉征上疏，论魏忠贤十项大罪：一并帝，二蔑后，三弄兵，四无二列祖列宗，五克削藩封，六无圣，七滥爵，八掩边功，九朘民，十通关节。
朱由检要的就是这种具体、落到实处的罪证，尽管祖制规定监生不得议政，但此时事急从权，他将兵部武选司主事的奏章和这份奏章一起，用邸报的形式发了出去。
魏忠贤得知后，急忙进宫喊冤。
朱由检却不予理会，只让内侍当众宣读钱嘉征弹劾他的十大罪奏疏。
魏忠贤惊恐万分，第二天便递上辞呈。
朱由检当即批准，同时收回魏家的爵位，魏家子弟连降数级。
正所谓“墙倒众人推”，魏忠贤失势后，弹劾他的奏折如雪片般飞来。
朱由检顺势打发魏忠贤去凤阳守陵，客氏去浣衣局洗衣，同时下旨抄了两人的家。
没想到，抄家后魏忠贤离京时，竟还带着40辆大车的家产和近千名家丁。
百姓得知后义愤填膺，朱由检也愤怒不已。
十一月四日，朱由检下旨，令兵部昼夜兼程，将魏忠贤追回来押解归案。
两日后，魏忠贤得到消息，深知自己已无路可逃。
此时，距魏忠贤的老家只有几十里路，他对着星空仰天长叹。
“回不去了，回不去了。既回不去老家，也回不去京城了。回去皇宫，等待我的，不是死，也是死。”
绝望之下，魏忠贤在旅馆中自缢而亡 。
消息传回京城，沿途百姓欢呼。
“圣上英明，果真圣人！”
魏忠贤死后，朱由检并没有放松，他开始对魏忠贤的党羽进行大规模清算。
崇祯二年正月，朱由检开始整肃“逆党”。
“逆党”案的案犯人数、案犯名单、罪名种类、量刑标准，悉由他亲自敲定，史称“钦