王敦攻入建康后，曾试图废黜晋元帝，另立他人为帝。他在朝堂上，言辞激烈地指责晋元帝的种种不是，声称要为东晋另择明主。王导坚决反对王敦的这一做法，他挺身而出，义正言辞地说：“陛下虽有过错，但东晋政权刚刚建立，此时废立皇帝，必将引起天下大乱。兄长此举，万万不可！”王敦看着王导坚定的眼神，心中虽有不甘，但也明白王导所言属实，最终放弃了废帝的想法。然而，王敦在建康期间，独揽朝政大权，肆意诛杀异己。他看不顺眼的官员，皆被他以各种罪名处死，一时间，东晋朝廷人人自危，陷入了一片混乱。王敦的行为不仅破坏了东晋政权的稳定，也让他与王导之间的关系产生了裂痕。王导对王敦的所作所为深感痛心，但又无力阻止，只能在暗中尽力维护东晋政权的一丝安宁。
太宁二年（公元324年），王敦病重，晋明帝趁机发动政变，讨伐王敦。王敦派其兄长王含等人率军抵抗，但东晋军队在晋明帝的指挥下，士气高昂，奋勇作战。最终，王敦的军队被击败。王敦得知兵败的消息后，气急败坏，病情加重，不久便去世了。王敦之乱被平定后，东晋政权暂时恢复了稳定。
王导在王敦之乱中，虽然受到了一定的牵连，但由于他在稳定东晋政权方面的重要作用，晋明帝并没有追究他的责任，仍然让他担任丞相，继续辅佐朝政。此后，王导继续秉持着“镇之以静，群情自安”的治国理念，致力于东晋政权的稳定和发展。
咸和二年（公元327年），历阳内史苏峻联合豫州刺史祖约，以反对庾亮为名，起兵叛乱。苏峻率领叛军迅速攻占了