随着在战场上的不断胜利，刘裕在北府军中的威望如日中天。然而，东晋朝廷内部的政治斗争却愈发激烈，如同熊熊燃烧的烈火，愈演愈烈。桓玄，东晋权臣桓温之子，野心勃勃，妄图篡夺东晋政权。他如同狡猾的狐狸，利用东晋朝廷对孙恩起义军的恐惧，趁机扩充自己的势力，逐渐掌握了东晋的军政大权。元兴元年，桓玄举兵东下，如同凶猛的野兽，攻入建康，逼迫晋安帝禅位，建立了桓楚政权。
桓玄篡位后，对北府军将领心存忌惮，担心他们会起兵反抗。为了削弱北府军的势力，桓玄如同残忍的屠夫，开始对北府军将领进行清洗。许多北府军将领纷纷遇害，刘裕深知桓玄迟早会对自己下手。然而，他如同隐忍的猎豹，并未轻举妄动，而是选择暂时蛰伏，等待时机。桓玄见刘裕表面上对自己忠心耿耿，且作战勇猛，便对他放松了警惕，还任命他为彭城内史。
刘裕暗中如同隐秘的蜘蛛，联络北府军旧部，积蓄力量，准备推翻桓玄的统治。元兴三年，刘裕以打猎为名，召集了何无忌、刘毅、孟昶等北府军将领，在京口起兵反桓。刘裕的起义得到了广大民众的支持，如同干涸的土地迎来甘霖，许多人纷纷响应，加入了起义军。起义军迅速攻占了京口、广陵等地，声威大震。桓玄得知刘裕起兵的消息后，惊恐万分，如同热锅上的蚂蚁，急忙派遣军队进行镇压。然而，桓玄的军队士气低落，如同霜打的茄子，战斗力不强，在与刘裕的起义军交锋中，屡战屡败。
刘裕率领起义军乘胜追击，如同势不可挡的洪流，直逼建康。桓玄见大势已去，如同丧家之犬，只得挟持晋安帝西逃。刘裕进入建康后，迅速稳定了局势，恢复了东晋的统治。因平定桓玄之乱有功，刘裕被东晋朝廷任命为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，掌握了东晋的军政大权。
此时的东晋，内有各地割据势力的威胁，外有北方胡族的侵扰。为了实现统一大业，刘裕决定对外用兵，先消灭南燕，解除后顾之忧。义熙五年，刘裕亲率大军北伐南燕。南燕皇帝慕容超得知刘裕北伐的消息后，并未将其放在眼里，如同傲慢的孔雀。他认为南燕有大岘山天险可守，刘裕的军队难以通过。然而，刘裕却如同智慧的棋手，采取了