除了重建工作的实际困难，联盟内部长期存在的一些深层次矛盾也在这个时期逐渐凸显。随着联盟的发展，不同星球在政治理念、经济模式和文化传统上的差异越发明显，这些差异在资源分配、发展规划等问题上引发了一系列冲突。
在联盟议会中，关于未来发展方向的讨论常常陷入僵局。一些工业发达的星球主张加大对科技研发和军事建设的投入，以提升联盟的整体实力，应对潜在的外部威胁。他们认为，只有拥有强大的科技和军事力量，才能在宇宙中立足。而以农业和旅游业为主的星球则强调生态保护和文化传承的重要性，他们担心过度的科技发展和军事建设会对环境和文化造成不可挽回的破坏，主张将资源更多地投入到生态修复和文化保护项目中。
在一次重要的议会会议上，“钢铁星”的代表慷慨激昂地说道：“我们必须加大对军事科技的研发投入，制造更先进的武器装备，打造一支坚不可摧的宇宙舰队。只有这样，当‘星蚀会’或其他类似的邪恶势力再次来袭时，我们才能有足够的实力保卫联盟。”
“花海星”的代表则立刻反驳：“我们不能只看到眼前的威胁，而忽视了联盟的长远发展。过度的军事建设会消耗大量的资源，对生态环境造成破坏。我们应该把重点放在生态修复和文化传承上，让联盟成为一个和谐、美丽的家园。”
双方各执一词，互不相让，会议气氛紧张到了极点。这种内部矛盾不仅影响了联盟决策的效率，还在一定程度上削弱了联盟的凝聚力。一些星球开始对联盟的领导产生不满情绪，甚至出现了个别星球试图脱离联盟，自行发展的声音。
正当联盟忙于内部重建和协调矛盾时，一些新的潜在威胁迹象开始浮出水面。联盟的监测系统捕捉到了一系列奇怪的信号，这些信号来自遥远的宇宙边缘，其频率和波动模式与之前发现的“星蚀会”和“暗星教”的信号都有所不同。
科研人员对这些信号进行了深入分析，发现它们似乎是某种加密的通讯信号，但由于技术限制，暂时无法破解