然而，事情并未就此结束。重案六组在销毁病毒核心控制器后，发现神秘高层还有后手。一些病毒样本已被提前转移，而且有迹象表明，有一股神秘势力正在暗中收集这些样本。城市里又开始出现新的异常情况，一些人莫名失踪后又突然出现，行为举止变得极为诡异。重案六组意识到，这股神秘势力可能打算重新启动病毒计划。他们再次投入紧张的调查，通过各种线索追踪神秘势力的踪迹。在一次秘密交易的现场，重案六组成功截获了部分病毒样本，但神秘势力却逃脱了。经过对样本的分析，他们发现病毒已被改良，更加难以控制。重案六组深知，这是一场与时间的赛跑，他们必须尽快找到神秘势力的老巢，彻底摧毁剩余的病毒样本，才能真正守护住城市乃至世界的安宁。一场新的恶战即将来临。
重案六组顺着截获样本时留下的蛛丝马迹，发现神秘势力藏在一座废弃的炼油厂里。行动当晚，他们悄悄潜入。可刚进入，就触发了警报，无数机械守卫从四面八方涌来。组员们迅速迎战，在激烈的战斗中，不断有人受伤。与此同时，神秘势力启动了病毒释放装置，病毒开始在炼油厂内蔓延。组长当机立断，让一部分组员去关闭装置，其余人继续对抗机械守卫。在与时间的赛跑中，关闭装置的组员终于成功，避免了病毒的进一步扩散。而就在此时，神秘势力的头目现身，竟是一位曾经协助他们破解病毒的专家。原来他一直心怀不轨，想利用病毒实现自己的野心。重案六组愤怒至极，与头目展开最后的对决。最终，组长抓住机会，将头目制服。重案六组再次成功化解危机，守护了城市和世界的安宁，但他们知道，未来或许还会有更多挑战等待着他们。
在审讯这位专家头目时，他拒不交代剩余病毒样本的下落，只阴森地笑着说“一切才刚开始”。重案六组不敢掉以轻心，加大了对城市的监控力度。不久后，城市的医院里出现了大批病因不明的患者，症状竟与之前的病毒感染极为相似。重案六组怀疑是剩余病毒样