但是不久后，郑芝龙卷入到中国与荷兰人的冲突之中。
由于葡萄牙人据守澳门，荷兰人在东亚贸易的控制权上完全居于下风，为了占领澳门这一远东贸易中心，荷兰人多次挑起与葡萄牙人的战争，但是每次荷兰人都以失利告终。不甘心失败的荷兰人在1622年再度挑战澳门的葡萄牙人，又遭到失败后，荷兰人决心要开辟一个新的贸易点，他们选择了福建与台湾之间的澎湖岛，并且武装占领该岛。
荷兰人的侵略行径激怒了中国政府。1623年，中国主战派官员南居益出任福建巡抚，开始筹划武力收复澎湖岛。荷兰人在澎湖的军事力量约有十二艘船与一千名士兵，荷兰人希望得到日本、东南亚一些国家的援助，特别是华人海商巨头李旦的援助。虽然李旦在中国官员眼中是个非法走私分子，但是福建巡抚南居益还是积极与他联系，希望将李旦争取到自己这一方。
李旦选择了中立，这对南居益来说，已经是最好的结果了。1623年年底，南居益武力收复澎湖岛的计划开始实施，中国舰队与荷兰舰队在台湾海峡展开海上厮杀，中国军队焚毁击沉了一艘荷兰舰船，击毙八人，俘虏五十二人，其中包括荷兰将领高文津，除此之外，还有一部分荷兰人溺水而亡，大批物资随船沉入深不可测的海底。
1624年初，南居益再次发动进攻，登陆澎湖岛北部的吉贝屿、镇海屿，并在