郑成功是一个雄心勃勃的人，他致力建立起一个完善的军事组织。他曾经历过弘光政权与隆武政权，并发现明帝国一直以来内部纷争不断，文臣与武将之间相互排挤倾轧，又有所谓\"清流\"与\"阉党\"之争，他曾经痛心地说过\"我朝委实无人，文臣弄权，“\"君实非戡乱之君，臣多庸碌之臣。”正是这种派系利益乃至个人利益之争，使得偌大一个帝国，拥有广阔的土地、人口、资源，却面对满族人的打击而溃不成军。郑成功决心将自己的军队建立成一支团结一致、绝对服从于他的强大军事力量，避免内部争斗为组织带来的灾难性后果。
从泉州撤兵，虽然是一次挫折，但他的军队并没有遭到损失，郑成功开始网罗更多的名士与武将。不久，原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等人相续投奔郑成功，郑成功对这些文士十分尊重，以上宾之礼相待，在制定政策过程中，不时咨询他们。另外，郑成功也收罗一批武将，其中有甘辉、蓝登、邱缙、林壮猷、金裕。
甘辉是海澄人，身材短小，猛勇绝伦，后来成为郑成功麾下最骁勇的战将之一；蓝登是漳浦人，武艺高超。郑成功深知自己的力量还过于脆弱，他不是象黄道周那样容易意气用事的人，他首先要训练一支能征善战的军队，并且必须要有足够的物力、财力来维持这支军队的给养。
郑成功继承了父亲海上贸易事业，作为郑芝龙的长子，他生长于一个有着浓厚商业气氛的家庭里，对海上贸易的重要性有着深刻的认识。郑成功曾经向隆武帝建议\"通洋裕国”，也曾向父亲郑芝龙建议\"大开海道，兴贩各港，以足其饷”，不过由于此时郑成功只有没有一块稳固的基地，所以他在海上贸易上也同样存显得薄弱。正当郑成功忙于通商与练兵之际，闽粤的抗清形势又出现乐观的局面。
在1647年七月，福建义军攻克建宁府之后，紧接着，鲁监国政权的南明军队在八月到十月间又攻克连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地，福州周边的县城几乎都落入南明军队手中。南明军队的胜利大大激励沦陷区抗清运动的升级，在福州府的东北部的福宁州，原隆武朝廷的大学士刘中藻于福安起兵，并且克复县城，之后，福宁府各地也先后爆发义军起兵，到了