十月十五日，舰队抵达舟山。次日，北征兵团召开军事会议，洪旭、陈六御、甘辉、王秀奇、周全斌等高级将领商量攻打舟山岛，并且制订了一套作战方案。
十月十七日，舟山战役打响。郑军海军在岑江口登陆后，兵分两路，直杀奔舟山城下。清军列队出城迎战，郑军鼓声大作，士兵们昂然前进，冲入敌阵，其中右提督右镇指指挥官陈瑞更是勇不可挡，阵斩清军中营中军将领陈彪，并杀死数十名清军。清军抵挡不住郑军疾风暴雨般的猛攻，败回舟山城内，坚守不出。
郑军包围舟山城。
清军舟山城守将是把成功，也有记为巴成功或把臣功，他站在城头向下瞭望，只见郑军连营数里，旌旗飘扬，节制有方，舟山不过一孤岛，悬于海上，外无援兵，海上通路，早被郑军的船只所封锁，在此情况之下，将士们哪还是有心攻战呢？
陈六御派遣监督李化龙进舟山城，招降把成功，把成功思前想后，为清廷战死在这孤岛之上，还真是不值得，经过一番思想斗争后，他最后决定向郑军投降。
十月二十八日，清军开城投诚，郑军进入舟山城，安抚百姓，草木不动，秋毫未犯。郑功攻克舟山岛的消息传出后，声威震动江南。
在收复舟山之后，张名振的水师前来与洪旭的水师会合。
张名振三次长江，其无与伦比的胆略与勇气着实令人钦佩，他的水师成为东南劲旅，令清军胆战心惊。但是张名振却与陈辉合不来，这并不奇怪。陈辉是郑成功最信任的海军将领之一，富有军事才华，在1652年与清军展开的几次大海战中，均重创对手，可是在张名振到来之后，他却成为张名振的配角，这无疑使他心怀不满。
不过郑成功依然信任张名振，在洪旭、陈六御率海军北上后，郑成功任命张名振为元帅，陈辉、洪旭、陈六御诸军皆受其节制。
针对张名振与陈辉不和的情况，郑成功还派了刑官程应璠前往劝解，但是张名振对郑军将领总在背后陷害他一事