朱衣佐与左云龙二人逃出城后，被陈泽的宣毅前镇官兵死追，在大表桥下被追上，左云龙在混战中被郑军杀死，朱衣佐则被生擒。
与此同时，兵部侍郎张煌言与水师将领罗蕴章在穿越清军的封锁线后，直接进据瓜州上游，清军有水上力量便是其秘密武器木浮城。清军的木浮城体积大，火力强，但是有个缺点，机动性能不如船只的敏捷，所以这个威力巨大无比的水上堡垒，并没有发挥其作用，张煌言曾经多次追随张名振入长江作战，这位文人出身的将领，经战争烽火的考验，已经由文人转变了一名卓越的武将，张煌言辖下的船只有许多火炮，在逼近木浮城后，发起猛攻，结果巨大的木浮城成为一座座水面上的活靶子，在一阵激战之后，张煌言的海军夺取三座满洲木浮城。
瓜州一战，是郑成功进入长江后的第一场胜仗，这一战打得干净利索，几乎全歼清军在瓜州的驻军，这样一来，清军在南京东部门户洞开，长江中下游为之震动。
兵部张煌言进言道：“瓜州陆军虽败，尚有水师退入芜湖，倘若侦知我大军登岸扎营，那么顺流而下，始终是个威胁。当务之急，应速整水师直捣芜湖，一来可掳获或击毁虏船，二来可声称将夺取南京，迫使南京清军不敢前来增援，然后我陆师可无后顾之忧，进取镇江城，便易如反掌矣。”
郑成功觉得张煌言的分析有道理，便派他总督水师前镇及罗蕴章袁起震等人的船队，进入芜湖，围歼清军水师，进逼南京城。
瓜州已经攻克，如果再攻下镇江，那么南京便在郑军的掌控中矣。郑成功传谕诸将：“兵贵神速，瓜州已下，水师遣进南都，虏不暇及镇江，我全师乘胜，直逼其城，虏若撄固自守，攻打迟我数日功夫；倘不揣来战，则一鼓而败之，城可立降也。尔等须传谕官兵，此番若遇有敌，须贾勇百倍，再胜一阵，则狡虏破胆，南都不攻自下矣。”