从七月七日进抵南京，到七月二十二日准备发动总攻，郑军在南京城下陈兵十五天，这说明郑成功并非真的中了清军的缓兵之计，也没有轻信管效忠投降的谎言。但是郑成功显然对清军的战斗力做出重大的误判，瓜洲战役与镇江战役的胜利，使得南京附近的城池望风而降，一连贯的胜利似乎来得太过容易，而且在以数人伤亡的代价全歼管效忠四千名铁骑之后，他对管效忠也有轻视之心。
在战争中，轻视对手，将付出重大的代价。郑成功在南京会战的决策上出现了重大的错误。
首先是分兵使得围困南京的兵力严重不足。在进攻南京城之前，张煌言率一支军队攻略南京上游地区的府州，虽然取得了收复收复四府三州二十二县城的辉煌胜利，但是却使得南京城外的郑军兵力不足。由于郑军中还有人数不少的家眷，还必须要分派一部分兵力以保护这些家眷，这无疑大大削弱郑军的攻城力量；另外，为了防备清军水师的袭击，郑成功还留下一部分兵力保护船只的安全。虽然郑军北伐的兵力总计十余万，但是据朱衣佐向管效忠的汇报，进攻南京城的郑军\"其众不过数万、其船不过数百”，而南京城内的清军守兵也有数万人之多，粮草充足，火炮数量颇多，且骑兵的力量很强大，还有高大的城墙可以固守，郑军在兵力上并没有压倒性的优势。
其次，在兵力不足的情况下，郑军对南京城采取围困策略，过长的包围线使得整个防御的纵深过于薄弱，容易遭到清军的反突击。南京是一座大城，城防坚固，郑成功没有采取集中兵力于一点，楔形突破，而是采取围困战术，只要清军集中兵力攻击一点，便可以形成局部兵力上的绝对优势。在七月十六日，清军已经尝试向凤仪门外的郑军前锋镇发动一次试探性的突击，这是一次清军反击的信号，但是显然没有引起郑成功足够的重视，并没有增强这一地段的防御兵力。
其三，郑成功对清军援军并没有采取有效的打击，而是纵容其自由进入南京城。从郑成功包围南京城后，先后入援的清军包括崇明总兵梁化凤率领的三千名骑步兵、金山营参将张国俊率领的一千名步骑兵、杭州协领牙他里所率领的五百名官兵，以及