有几艘清军船只迷失方向，搁浅在了圭屿，大约有三百人，最后被郑军包围投降，郑成功发现这些人没有真心实意要投降，便下令沉杀于海上。
这样，从海澄出发的清军水师，尚未踏上厦门岛，便被郑军所击败。
另一路由同安出发的清军水师，对厦门岛基地构成的威胁更大，在海门大海战的同时，在北边，另一场大战斗也正在进行之中。
北线清军水师由安南将军达素、同安总镇施郎统率，兵分三路，分别由同安北港、同安南港、浔尾三个方向出击，横渡海峡，在厦门岛的赤山坪登陆。
清军将汉兵置于第一梯队登陆，满兵置于第二梯队登陆，这个登陆点并不是十分理想，因为这里水浅泥深，不利于大部队的展开。
驻守于此的部队是郑军前冲镇的翼将黄麟，他指挥所部反击，但清军人多势众，很快黄麟便抵挡不住，往后撤退，清军一拥而上。
如果不能将清军阻挡在海滩这一个狭窄的地带，一旦越来越多的清军向纵深挺进，那么厦门岛将岌岌可危。
此时陈璋指挥的殿兵镇也投入战斗，双方炮矢交攻，打得非常激烈，郑军坚守阵地，清军难以突破，双方战局陷入胶着状态。此时，清军的军队源源不断地登陆，而郑军在明确清军主攻方向后，也调集重兵堵御。郑军的王牌便是陈鹏所指挥的右虎卫镇，即郑军中的铁人部队，另一支铁人军左虎卫镇在南京之役中伤亡过半，其余众被编入右虎卫镇中。然而陈鹏自从南京之役后，对郑军的前景非常悲观，他私下串通清军，企图按兵不动，配合清军的进攻。
五军戎政王秀奇严令右虎卫镇进兵，协助殿兵镇抵御清军，陈鹏没有办法，派右协陈蟒、领旗协刘雄率各自辖下的部队奔赴赤山坪。
对于陈鹏的消极避战，右虎卫镇中的一些将领非常不满，前协万宏、领兵林雄力等人极力请求前往作战，陈鹏没有理由拒绝这些将领的要求，最后这支生力军才得以投入战斗。由于右虎卫镇的战斗力超强，他们的到来对于稳定战局起到至关重要的作用。
清军登陆的部队始终无法向厦门岛内挺进，被困于浅滩一带，