为了避开荷兰人的炮台，郑成功选择由鹿耳门港道登陆。这条港道自然条件不够理想，郑军的向导何斌是个有心人，他曾细细勘察过鹿耳门的水道，绘制在地图中，而且亲自为郑军导航。虽然如此，郑军数百艘战船能否顺利通过，特别是一些大型船只是否会搁浅？谁也没有把握，所以郑成功是冒了很大的风险。
在舰队出发前，郑成功曾对部将们说：“本藩矢志恢复，念切中兴。前者出师北讨，恨尺土之未得；既而舳舻南还，恐孤岛之难居。故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时；非为贪恋海外，苟延安乐。自当竭诚祷告皇天并达列祖，假我潮水，行我舟师。”能否顺利通这个浅水航道，则要看涨潮时海面能上升多少。
郑成功乘上小哨船，在何斌等人的引导下，先行入港。郑军选择的时机也恰到好处，由于这一天是初一，正值大潮，到了中午时，海水涨潮，海面上升数尺，郑军中的大船居然也可以顺利入港。
郑军之所以能这么顺利成功登陆，还有一个原因，就是郑军的军事行动相当保密，从舰队出发到成功登陆，荷兰人均没有发觉。这支二万五千人、数百艘战船的庞大军队，在神不知鬼不觉中，已经钻到荷兰人的眼皮底下了。荷兰人对郑成功攻取台湾并非全无准备，但是郑军选择在风向不利于航行的季节突然挺进台湾，这是荷兰人没有料想到的，而在郑军登陆前一夜，海面上还风雨交加，荷兰人更没有料到这支英勇的舰队战胜风雨与波涛，奇迹般地出现在台湾岛西部。
在荷兰人修筑的赤嵌城外，有一赤嵌街，乃是百姓之聚集地与市集，其地在现今台湾之台南市内，当地百姓对郑军的到来欣喜若狂，奔走相告，并给郑军提供大量的帮助。郑成功发动的攻台之战，从一开始，便是一场正义之战。