中央设置市舶总司，最高长官为总督市舶大臣（正三品），由皇帝钦点，组织架构上属于户部，但可直接上奏皇帝！其下置左右参政各一员，正四品衔，专司汇总三港贸易数据、核验税银账册等！
地方市舶司则设提举一人，正四品官职，直接对总督大臣负责。司内分设贸易、税务、船舶、蕃务四署，各署长官均为正五品，如此品秩规格，较之前代市舶司官员高出数阶，足见朱元璋对海关的重视已达前所未有的高度。
为防贪腐滋生，监察体系堪称严密。监察部门有两个，且互不隶属，设有市舶司审计署，由都察院派驻。设廉政监察署，由锦衣卫派驻。两套监察系统互不统属。
除此之外各部门有协同市舶司海务的义务。
海上防务亦同步强化。朝廷在沿海布设东海、南洋、北洋三大巡检署，调全国半数海船组建巡检船队，由资深武将统领，专职剿匪缉私。