随着邪恶力量被再度封印，神秘区域逐渐恢复平静，孙逸等人也从那充满奇幻与危机的宇宙冒险中抽身，回归到熟悉又陌生的江湖。他们本以为可以稍作喘息，可江湖的风云变幻从不给人太多安宁。
回到江湖后，孙逸发现混沌剑派在他离开的这段时间，虽有长老们照拂，但仍因江湖的动荡而元气大伤。一些心怀不轨的小门派，趁着混沌剑派无暇顾及，不断在周边滋事，抢夺资源。孙逸整顿门中事务，重新梳理剑法传承，将自己在宇宙冒险中对力量的感悟融入混沌剑法，创立出一套更精妙的剑招。他亲自指导弟子修炼，日夜不停，希望能尽快恢复混沌剑派的荣光。
林羽回到清风山庄，山庄的竹林在岁月中依旧静谧，但江湖的纷争却让这片宁静之地也难以独善其身。林羽将清风剑法的精髓进一步提炼，他发现宇宙中的清风之力与江湖武学中的灵动之意竟有相通之处。他以风为引，将剑法的速度和灵活性提升到了新的境界，每一次挥剑都似裹挟着山间最凌厉的疾风。
苏瑶回到元素谷，谷中四季如春，元素之力浓郁。可外界的战火已经烧到了谷口，一些黑暗势力的爪牙妄图染指元素谷的神秘力量。苏瑶潜心钻研元素融合之术，将宇宙中奇妙的能量与元素谷的五行之力结合，创造出了前所未有的元素法术。她在谷中布下重重法阵，守护着这片充满生机的土地。
然而，江湖的危机并未就此平息。一个神秘的组织悄然崛起，他们行事诡秘，擅长使用各种诡异的暗器和毒药。这个组织专门针对江湖中的名门正派下手，所到之处鸡犬不宁，一时间江湖上人心惶惶。
孙逸、林羽和苏瑶再次收到江湖各大门派的求救信，决定再度联手。他们从最近一次被袭击的门派入手，仔细勘察现场。孙逸蹲下身，捡起一枚遗落的暗器，只见暗器上刻着奇怪的符文，散发着一股淡淡的腐臭气息。林羽则在周围寻找线索，发现地上有一些奇怪的脚印，脚印的形状和大小都异于常人，似乎是穿着特制的鞋子留下的。苏瑶运用元素感知，察觉到空气中残留着一股微弱的黑暗元素波动，这股波动与之前遇到的黑暗势力有所不同，但又有着千丝万缕的联系。
三人顺着线索追踪，来到了一座废弃的城池。城池中弥漫着