当林夜靠近第三根主枝时，他发现这根主枝周围的空间都发生了扭曲，仿佛被一种强大的力量笼罩着。林夜深吸一口气，集中精神，寻找着主枝的破绽。突然，他发现主枝根部有一个微小的缝隙，那是能量护盾的薄弱点。林夜毫不犹豫，调动体内最后的力量，朝着缝隙刺去。利刃刺入缝隙的瞬间，主枝剧烈摇晃，周围的空间扭曲得更加厉害。林夜咬牙坚持，终于将第三根主枝斩断。
随着第三根主枝的断裂，机械菩提树停止了生长，因果雷暴也逐渐平息。林夜松了一口气，瘫坐在地上，他的眼神中充满了疲惫，但也有着胜利的喜悦。洛无面和沧溟君连忙跑过去，将林夜扶起。
林夜休息片刻后，开始探索机械菩提树的核心。他发现菩提树核心的灵能反应堆，其冷却系统竟采用林家祖宅的地暖结构，管道内流动着红色星砂。这一发现让林夜心中充满了疑惑，他不明白林家祖宅的结构为何会出现在这里，这背后究竟隐藏着怎样的秘密。
就在这时，被摧毁的树桩年轮显现出林家血脉图谱。林夜等人走上前去，仔细观察图谱，发现最新一圈标注着 “沧溟君基因匹配度 999”。这个发现让所有人都震惊不已，他们没想到沧溟君与林家血脉竟有着如此高的匹配度，这其中又有着怎样的关联呢？
林夜看着树桩年轮上的标注，心中思绪万千。他知道，这场与初代的战斗越来越复杂，每一个新的发现都带来更多的疑问。但他也坚信，只要他们不放弃，一定能揭开所有的谜团，彻底击败初代，拯救这个陷入危机的世界。
林夜转过头，看着洛无面和沧溟君，坚定地说道：“我们不能停下脚步，这些新的线索一定能帮助我们找到彻底解决危机的方法。无论前方等待着我们的是什么，我们都要一起面对。” 洛无面和沧溟君点了点头，眼中闪烁着坚定的光芒。
在短暂的休整后，林夜等人带着新的线索，再次踏上了征程。他们知道，前方的路还很漫长，困难重重，但他们毫不畏惧，因为他们心中有着坚定的信念和彼此的支持。
回到初代舰队母星，林夜等人立刻投入到对新线索的研究中。他们结合机械菩提树的发现和之前在 “大日如来核心”