与此同时，科研团队争分夺秒地调整能量波发射装置的频率。他们根据对黑暗能量的分析数据，通过复杂的计算和调试，试图找到能够有效干扰黑暗能量的频率。
“频率调整已完成60，预计还需要五分钟。”科研人员紧张地汇报着进度。
战场上，一艘战舰在骚扰过程中，不幸被神秘飞船的反击击中，护盾破碎，舰体出现多处破损。船员们在舰长的指挥下，迅速进行抢修，同时继续向神秘飞船发动攻击。
“坚持住，我们一定能成功阻止他们！”舰长鼓舞着船员们的士气。
在舰队的顽强抵抗下，神秘飞船逐渐陷入困境。但他们似乎并不打算轻易放弃，开始疯狂地发动攻击，试图突破舰队的防线。
“能量波发射装置频率调整完成！”科研人员兴奋地喊道。
指挥官眼中闪过一丝胜利的光芒，果断下令：“立刻发射能量波，干扰神秘指挥舰的黑暗能量屏障！”
能量波发射装置再次启动，一道经过特殊调整的能量波射向神秘指挥舰。能量波与黑暗能量屏障接触的瞬间，产生了强烈的反应。黑暗能量屏障开始剧烈颤抖，表面出现了一道道裂痕。
“继续攻击，趁他们的屏障破裂，一举摧毁指挥舰！”指挥官抓住时机，下达总攻命令。
舰队全体战舰再次集中火力，朝着神秘指挥舰发动最后的攻击。无数能量光束击中指挥舰，在黑暗能量屏障破裂的情况下，指挥舰瞬间被强大的火力淹没。随着一声震天动地的巨响，神秘指挥舰爆炸解体，化作无数碎片在宇宙中散开。
神秘飞船群失去了指挥舰，顿时陷入混乱。舰队乘胜追击，对剩余的神秘飞船展开全面围剿。在舰队的强大火力下，神秘飞船一艘接一艘地被摧毁，最终全部被消灭。
“报告指挥官，神秘飞船已全部被消灭，‘暗影计划’成功被阻止！”侦察兵兴奋地汇报。
舰队内响起一片欢呼声，船员们为来之不易的胜利而欢呼雀跃。然而，指挥官并没有放松警惕，他下令：“各战舰保持警戒，对整个星系进行全面搜索，确保没有遗漏的危险。科研团队，对战场残留的能量痕迹