就在这时，地面开始剧烈震动。零的机械义眼红光爆闪：“暗影组织追踪到这里了！他们破解了基因库的防护罩！”数十名暗影成员破墙而入，为首者竟是青龙峡之战中消失的山本——此刻他的身体已完全机械同化，胸口镶嵌着与基因库核心相似的能量晶体。
“把‘女娲基因’交出来！”山本的机械臂化作加特林炮台，“二十年前，我师父就是为了守护这个背叛帝国的计划而死！”郭雅琴这才惊觉，山本与机械师的师父竟有师徒关系。千钧一发之际，医疗站方向传来惊天动地的爆炸声，李小二浑身是血地冲进来：“他们劫持了小奶娃！”
郭雅琴瞬间做出决断，将图纸塞给永革：“启动基因库！我去救人！”她带领刘老鬼冲向医疗站，却发现小奶娃被绑在一台改造过的基因提取仪上。暗影组织的首领摘下头盔，露出一张与山本年轻时极为相似的脸：“自我介绍一下，我是山本的孪生弟弟，暗影组织的真正掌控者。”
首领按下按钮，基因提取仪开始运转，小奶娃痛苦地挣扎着。郭雅琴举起磁暴步枪，却发现能量核心突然失灵——原来山本胸口的晶体正在反向干扰。危急时刻，李小二突然扑向控制台，用身体挡住攻击。“快跑！”他的声音带着哭腔，“你说过要带我们打败所有坏蛋的！”
基因库内，永革与零终于破解了启动程序。“女娲基因”被激活的瞬间，整个延安地动山摇。培养舱内的样本开始苏醒，他们冲破舱体，与暗影成员展开混战。其中一个长着机械羽翼的少女飞向医疗站，用羽翼切断了捆绑小奶娃的锁链。
“这是基因库的守护者！”零激动地大喊，“他们被赋予了自主意识！”郭雅琴趁机抱起小奶娃，却发现少年胸前不知何时浮现出太阳纹章的胎记。山本的弟弟见状，瞳孔骤缩：“不可能！你怎么会有初代‘曙光’成员的印记？”
混乱中，山本突然调转枪口对准弟弟：“够了！这二十年，我一直活在你的阴影下！”能量炮轰出的瞬间，弟弟启动传送装置消失。而山本在爆炸余波中，露出了机械胸腔里跳动的人类心脏——原