就在朱由渠班师回朝之前，远在大明腹地的两大外戚已经开始了他们的战争。第八军和第十二军并没有像孙焕之所预料的那样，在江西打起来，而是东进到南直隶，在安庆到芜湖一带相遇，并发生了激烈的战斗。由于秦拱民轻敌冒进，第十二军第一师被张君明两个师围困在池州，损失惨重，但未能全歼。待十二军第三师赶到后，张君明便撤除了包围。但由于秦拱民咬的比较紧，张君明撤退时发生失误，变成了溃败。导致第八军第一师两个旅在青阳附近被包围，经过三天的激战，这两个旅几乎被全歼。这让张君明也损失惨重，于是他产生了一个大胆的想法，为什么要跟秦家人在这里耗着了，如果东进夺取南京，然后将燕王殿下推上皇位，等陛下回来让他当太上皇不行吗？于是说干就干，他便带着大军往东而去。而秦拱民鉴于上一次的教训，不敢再轻敌冒进，因此并没有跟随张君明快速东进，而是稳步向前推进。
随着第八军的逼近，守卫在南京城里的公孙术不得不加强防守，同时赶紧调江西的两个师回援。然而远水解不了近渴，大军回援还要很长的时间。现在已经是火器时代，城墙根本没用，为了不伤及城中百姓，所以公孙术只能出城迎战了。可他一个师根本不是张君明一个军的对手，经过两天的激战，公孙术付出了一个旅的伤亡后被张君明击溃，残部逃往了滁州。随后张君明便占领了南京。然后在张君泽和张氏家族的怂恿下，燕王朱慈炬在南京称帝，年号宣武。这让刚刚进入南直隶的第十二军有些手足无措，秦拱民便撤回了武昌，秦家人经过商议，在武昌城立汉中王朱慈熠为帝，年号宣统。秦家人便以第十二军为基础，征召了两万人马，然后便发起了东征。双方在南直隶展开了激战，虽然这些兵不对老百姓烧杀抢掠，但整个长江沿岸却被打成了废墟，同时双方也付出了重大的人员伤亡。第八军的老兵减员过半，第十二军的原有班底也没多少了。南直隶很多百姓失去了家园，到处流离失所。三个五年计划才搭建起来的南直隶工业体系，七成以上被破坏，大明的财政收入减少近五分之一。这可把孙焕之给心疼坏了，但陛下又一直联系不上，于是他拼命的向欧洲派遣信使，希望能联系上朱由渠，不然整个南直隶就完了。
由于张君明前往了南京，因此海上的信使得以