艾蜜莉是个充满好奇心的小女孩，父母是研究古文明的学者，带着她来到巴勒斯坦平原进行考察。一天午后，艾蜜莉在帐篷外玩耍，追着一只色彩斑斓的蝴蝶跑远了。不知不觉间，她走进了一片古老的草丛，脚下的土地忽然变得松软，一个不留神，艾蜜莉掉进了一个隐蔽的地洞。
当艾蜜莉悠悠转醒，发现自己置身于一个奇异的世界。周围的树木高大如巨塔，叶片像巨大的华盖，花朵如同绚丽的宫殿。她惊恐地站起身，想要寻找回去的路，却发现自己的声音在这里微弱得如同蚊鸣。
就在这时，一群小人出现了，他们手持弓箭，眼神警惕地盯着艾蜜莉。艾蜜莉害怕极了，她颤抖着向小人们解释自己无意冒犯。小人们交头接耳，似乎在讨论该如何处置这个突然闯入的“巨人”。最终，一个年长的小人站了出来，他名叫巴尼，示意艾蜜莉跟随他们走。
艾蜜莉小心翼翼地挪动脚步，生怕踩到这些微小的居民。一路上，她看到了小人国的奇妙景象：用树叶和藤蔓搭建的精致房屋，用花瓣和草茎编织的桥梁，还有那片种植着“天神之花”的花园。“天神之花”绽放着奇异的光芒，花朵硕大无比，是小人国里最珍贵的存在。
巴尼告诉艾蜜莉，他们的族人是从遥远的天神小岛飘移到这片土地上的，一直受到天神的庇佑。蜜蜂在他们的生活中至关重要，是他们获取食物和与外界交流的纽带。小人们擅长从野生蜂巢中获取蜜糖并将其保存，每一滴蜜糖都如同黄金般珍贵。
艾蜜莉对小人国的一切都充满了好奇，她帮助小人们采摘成熟的“天神之花”，学习如何从蜂巢中获取蜜糖。在这个过程中，她和小人们渐渐熟悉起来，小人们也不再对她充满戒心。
然而，平静的生活被一场突如其来的灾难打破。一只饥饿的獾发现了小人国的踪迹，它巨大的身躯在小人国里横冲直撞，所到之处房屋倒塌，花园被毁。小人们惊恐万分，纷纷四处逃窜。艾蜜莉看着眼前的惨状，心中充满了愧疚