蒋介石强烈要求孙中山将他的部队秘密开进广州，重建其大元帅的权威，然后清除广西残余桂军，最后出征北伐。
4月，孙中山的部队开到广州。这时，陈炯明拍电报给孙中山，请求辞去他的几个主要职务——这是传统的拉开距离的中国方式。孙中山批准了他的辞呈，但要求他仍留任陆军部长职。陈炯明拒绝孙中山的挽留，将他的部队开回老巢——广州东部的惠州，在那里静观事态的发展，等待时机。
蒋介石强烈要求进攻惠州，然后平定广西，但孙中山又一次拒绝了蒋介石的建议。恼怒之下，蒋介石回到上海。4月22日他写信给陈炯明，呼吁他与孙中山团结合作，参加北伐。陈炯明未予理睬。
陈炯明与北方军阀的暗中勾结现在公开化了。这些北方军阀都有自己的代表在北京政府内任职。北洋政府致电孙中山，要求他辞职，陈炯明及其手下公开支持这种要求。
6月16日，陈炯明倚仗北洋政府在政治和军事上的支持，公然派他的部队炮击孙中山的官邸，企图谋害孙中山。
这时，蒋介石还在上海，他后来回忆说，陈炯明曾向他的部下许诺，如果能杀死孙中山，则犒赏20万美元，他还要洗劫广州城三天。
孙中山坚持到最后，只是在他的同志们的劝说下才离开广州。在广州的大街上，他一度与叛军相遇，但侥幸的是未被认出来，孙中山逃到停泊在黄埔港的“永丰”号军舰上。
尽管孙中山不听蒋介石的劝告，以致到了今天这样的处境，但蒋介石如果不忠诚于孙中山，他也将一文不值。
蒋介石闻讯立即由沪南下，继续追随孙中山。他们在舰上待了56天。舰上闷热难熬，又缺乏食物和淡水。一到晚上，蒋介石就上岸寻找食物，天亮则回到舰上睡觉或在甲板上警戒。
他们没有很快乘舰离开，因他们寄希望于蒋的同事许崇智率领讨伐军打败陈炯明。但是，他们的希