蒋介石压根儿就没想到孙科会在选举中失败，因为“国民大会”是由“cc派”控制的，而且陈立夫曾向蒋介石保证孙科一定会当选。但是，目前的状况却使蒋介石大为吃惊——李宗仁这个平庸的广西军阀竟会在“国民大会”选举中获多数票。蒋介石曾答应孙科，副总统职位一定是他的，选举只是走走过场而已。因此，李宗仁当选为副总统，使蒋介石感到自己在失面子。最糟糕的是，李宗仁竟然故意不听命于他，这在蒋介石看来是最不可宽恕的“罪行”。
这次“国民大会”在其他方面进行得也不太顺利。在当选的代表中，有一些人在开会时被国民党人员拒之门外，因为把他们的席位分给了国民党提名人。
一些遭到拒绝的“国会”代表宣布绝食，其中一人带着棺材住进了接待室。他威胁说，如果不给他席位，他就要去死。在对此进行商讨时，南京大主教于斌说服“绝食者”喝定量的水、橘子汁和牛奶，以维持生命。最后，这些代表终于得到了他们的席位。为了接受并安排他们，会议不得不扩大范围。
国民党人因在选举副总统时未占上风，感到极为不安，他们想通过提议选举何应钦为总理来挽回其丧失的地位。但是，他们的势力太弱了，以致无法取胜。后来，这个职位由干练、廉洁的翁文灏担任了。翁文灏的出现使新内阁具有某种更加自由的色彩，但现在要彻底改变其形象已为时过晚了。
在所有这些挫折面前，蒋介石仍继续给人一种高傲、镇定的形象。1948年5月20日，他在就任中华民国总统时说：
他不否认中国前面的道路困难重重，也不否认重建中国是件不易之事，他认为实行民主的基本条件尚未成熟，但时代的力量已使国民党向前走上了立宪民主的道路……
他还说：他这40年来领导国家取得的经验，使他更加坚信孙中山先生的格言，任何措施“只要符合自然规律，只要符合人类认识水平，只要顺应世界潮流，只要反映人民愿望并为社会精英所发现，就一定会成功地实现”。
蒋介石外表镇静，却掩盖不了内心的不安，并且在这个时候比任何时候表现得都明显。
国民党渐渐控制不住东北的据点了。他们于3月12日从吉林撤出，并用军事上惯用的陈