蒋介石说，我们要干的第一件事情就是清理整顿党的组织和机构。中央执行委员会和中央检查委员会被取消了，在此基础上蒋又成立了两个小型机构：执行行政权力的中央改革委员会和一个由党的元老组成的顾问委员会。
那些投奔共产党的国民党知名人士，如傅作义和宋庆龄等已被除名，许多没有投奔毛泽东但又拒绝来台湾的中间派也被国民党除名。
军队也进行了清理。陈诚遵照蒋介石的指示解雇了上万名军事官员，181个军、师和更小的军事单位被解散了，事实上这些单位都是徒有虚名的，它们不过是充实军官钱袋的花名册而已。
下一步是货币改革。上海解放以后，蒋介石政府就推行了新的台币制度，以黄金和外汇为值牌，台币与美元的比值为5： 1。
没过多久，蒋介石便再次宣称他对所管辖的领土和人民拥有绝对的统治权。
因为这时他不仅是国民党的总司令和总裁，而且重新当上了“中华民国”的“大总统”。
1950年2月21日，蒋召开紧急会议，向还在美国的李宗仁发出了最后通牒，要他在三天内到台北，或辞去代总统的职务，李的答复是含糊其辞的。立法院于24日请求蒋恢复“总统”职位。他没有拒绝。于是，3月1日蒋又当上了“大总统”。当上“大总统”后他办的第一件事是接受阎锡山的辞职。阎本人觉得自己年老体衰，无力继续担任“行政院”院长。3 月8日，蒋介石推举陈诚将军为“行政院”院长。
在蒋介石就任“大总统”的当天，毛泽东的总司令朱德在北京接见了台湾解放同盟会的成员。
朱德告诉他们：“废除蒋介石在台湾的统治已成为全国的当务之急。”他补充道，他们正集结重兵以对台湾发动进攻。在那个你死我活的时刻，共产党似乎时时刻刻都有可能对台湾发动进攻。然而，蒋介石及其政权却因朝鲜战争而得救。
蒋介石得以生存的关键因素是美国的态度。