一天后，滴入水层液体的那个培养皿中，以水滴为中心，出现了一个直径一厘米左右的空洞。这个空洞里的脓杆菌，都被杀死了！而滴入豆油层液体的毫无变化！
这个实验让夏淮安确认，青霉素就在水溶层。
掌握了培养方法，又知道青霉素可溶在水层，接下来只需要提纯。
夏淮安使用最基本的提纯方法，首先设计出纯液体培养基，将牛肉膏过滤，只保留清亮的蛋白汤，在加入一点白醋，09的盐，10的蜜糖水和10的米浆。
培养基经过高温消毒，避免杂菌滋生。
将青霉素接种到大玻璃瓶做的培养基中，盖上酒精棉花塞，通气但抑菌，培养七天后，放入两斤豆油。剧烈摇晃后，再静置。
小心的取出下层的水溶液。经过细竹炭粉过滤，然后收集过滤后的溶液。
结果他发现，过滤后的溶液，没有抗菌能力！不能杀死培养皿中的脓杆菌！
又失败了！
夏淮安总结原因。排出所有的不可能后，只剩下一个可能——青霉素被细竹炭粉吸附了！
他将吸附青霉素的竹炭粉取出，用白醋水冲洗，果然洗出来的液体，又有了杀死脓杆菌的能力，而且明显杀伤能力更强——这说明他得到的青霉素浓度更高更纯。
夏淮安试着通过煮沸蒸发的方式，继续提纯青霉素，然后不出意外的又又又失败了。
青霉素经历高温后，杀伤脓杆菌的效果大大降低。
最后，他在玉芳的提示下，用猪膀胱装着冲洗竹碳粉得到的青霉素溶液，借着电风扇和冰块制造的凉风，将其自然吹干。
就这样，历经无数次失败，他终于得到了一些黄褐色的粉末，这就是他提纯出来的青霉素！
这些粉末用蜡封竹筒装好，藏于冰窖中。竹筒外再包裹一些棉花、石灰石袋子等吸附水汽防潮，就可以保存很久。
再接下来，就是实验青霉素的使用浓度。
他找来几只兔子，在它们的后背弄出伤口，涂抹一些脓杆菌。
待兔子的伤口感染发脓后，他开始给每只兔子注射不同浓度的青霉素溶液。
注射用的钢针是赵金和几个工匠花费了很大努力才制作出来的