本丸御殿和二之丸御殿为二条城的主要建筑，处于二条城空间的构图中心。其中的二之丸庭院为回游式水庭院，水面曲回、泉流清澈，水池沿岸布置有湖石，形态豪华，水庭之中建有三座小岛，并在水池的中央布置了三段式的叠瀑。
水庭的周边植有高低错落、组合有致的各类树木和植物，水面、植物和湖石等相映成趣，庭院风格相对粗放，具有一定的力量感，但是，对于某些局部的水石和植物的处理与安排，又不乏细腻和严谨的搭配方法，与周围的建筑群有着和谐的呼应。
二之丸御殿的宫室建筑体态秀美、尺度宏阔，园林内绿化与建筑物搭配得当。其御殿建筑的样式很富有特色，殿内墙壁和隔门上绘有幕府的皇家著名画家狩野一门的画作，其中《鹰立松树图》、《守望八方雄狮图》皆为狩野派的名作。
各宫殿建筑的内部装修、装饰和细部构造等极尽精细、奢华，处理得当。屋檐和封檐板上镶嵌有纯金箔片作为点缀，明艳的金色与深色的建筑木构件，相互映衬而显现出当邸的华贵。
值得一提的是，当年新建之时，细川信元还把细川氏祖传的名石“藤户”奉献出来，摆放在御所里，包上锦罗绸缎，意为镇抚邪气。
如今，足利、织田均成为过往，祖传家宝“藤户”连同二条御所一起，物归原主！