莲宗寺是两进院，整体建筑风格独具特色，融合了苏州园林的精致典雅与佛教建筑的庄严肃穆，在北方的寺院中独树一帜。走进莲宗寺，仿佛踏入了一个宁静的世外桃源，远离了外界的喧嚣与纷扰。
三门殿是际然法师圆寂后的1996年重建的，三大开间东西各延半间，建筑讲究，庄严古朴。走进三门殿，便能看到弥勒、韦驮、伽蓝菩萨和擎天持杵的两尊金刚，他们法相威严雄壮，让人顿生敬畏之心。
穿过三门殿，便是寺院的核心建筑——大雄宝殿。坐北向南的大雄宝殿宏伟壮观，“大雄宝殿”匾额为北洋军政大员江朝宗1942年书写，字体苍劲有力，为大殿增添了几分历史的厚重感。殿外抱柱的楹联“九品莲台狮吼象鸣登法座，三尊金像龙吟虎啸出天台”，乃津门大书法家龚望隶书，抱柱采用金箔铺底、黑漆描字，风格迥异，与大殿的整体风格相得益彰。大殿内主供三尊佛像，中为释迦牟尼佛，东、西为药师佛和阿弥陀佛，两侧设龛供奉观音，地藏菩萨。这五尊佛菩萨像皆为明朝时期铜质包金，工艺精湛，造型优美，是日本投降前准备运走的国宝，如今能够留存在此，供信众和游客瞻仰，实属不易。东西两壁塑有十六罗汉行乐作法玻璃浮雕，栩栩如生，仿佛将人们带入了一个佛国世界。
大殿后边有五开间的小二层楼，上层为念佛堂兼藏经阁，堂前对联曰：“一念真纯灵山地，六时讽诵大罗天”。堂内供奉阿弥陀佛，并珍藏百本《大正藏》一部，这些珍贵的佛教典籍是寺院文化传承的重要载体。楼下斋堂楹联言简意赅：“三餐常念农夫苦，一饭难忘佛祖恩”，时刻提醒着人们要珍惜粮食，感恩生活。
寺院中央那尊国内罕见的“万年宝鼎”，造型古朴，工艺精湛，为整个寺院增添了不少庄严的氛围。宝鼎周围，绿树成荫，花草繁盛，在阳光的照耀下，构成了一幅宁静祥和的画面。
除了三门殿、