由此，桓谦也确定了对方的作战方略，便是利用燕子矶的地形，以大量沉船堵塞航道。进攻方船只受阻，左近沙洲岛屿上的兵马进行打击。
这种战法很熟悉，正是枞阳水战东府军战法的重现。所不同的是，司马道子的兵马没有火器。在放船实验中，没有看到火器和火炮的攻击。这当然是大好事。但是燕子矶上敌军的兵马数量却更多，驻守的兵马少说也有六七干人之多，分布在众多的江心岛上，打击的力度和角度都难以防范。对方的打击几乎没有死角。
了解了这些情形之后，桓谦经过多日的深思熟虑，制定了作战计划。
鉴于航道已经堵塞，以战船大举进攻肯定是愚蠢的做法。所有船只都会被堵在水道上，从而成为活靶子。所以，桓谦决定对燕子矶众多江心岛展开进攻。总体的思路是，只要占领燕子矶，将对方戍守兵马全部歼灭，则后续可以从容的清理航道堵塞的沉船，疏通水道。
但问题在于，这么做难度颇大。一则江心岛众多，非只是一座岛屿，倒是可以强力攻占。二则，水军攻岛作战，并不占优势，反而是处于劣势一方。
为此，桓谦做出了一些开拓性的改变。
一则，进行兵种上的创新。选拔了三干名精锐步兵组建了水军陆战兵。这些人虽然不太谙习水战，但是陆地作战能力足够。唯一需要解决的便是他们旱鸭子的属性，解决船上保持平衡和水性的问题。所以，对他们进行了十几日的强化训练，每天让他们在江面的波浪之中乘坐小船适应水战，还必须在寒冷的江水里学习游泳，落水时不至于淹死。
二则，战术上进行创新。根据燕子矶的江心岛的格局，若选择一个个的攻占，面临压力巨大。对方在前方几座江心岛上的防御极为强大，若是强行争夺，未必能够成功。既然如此，不如先夺取后方容易得手的江心岛，站稳脚跟之后，再选择左近容易得手江心岛进行进攻占领。这么做既可避开对方防守最为严密的几座江心岛，又能起到占领江心岛的几座岛屿，从而完成对对方整个燕子矶防御体系的搅