刘肇掌权后，立即清理窦氏残党余孽。凡是依仗窦家的关系而做官的，统统被罢免回家。
永元之隆
在一举扫平了外戚窦氏的势力后，刘肇开始亲理政事，每日上朝听政，深夜批阅奏章，从不懈怠，史称“劳谦有终”[] 。当时各郡国前后进献的祥瑞多达八十一处，刘肇却自称德行浅薄，又觉得祥瑞不切实际，于是都隐没起来而不宣扬。[]
经营西北
永元五年（公元93年），北匈奴於除鞬单于叛乱，刘肇派任尚将其讨灭[] 。同年，南匈奴单于安国叛乱，被骨都侯喜斩杀[] 。
永元六年（公元94年）七月，班超大破焉耆国、尉犁国、危须国、山国，并斩杀了焉耆、尉黎两国国王，将其首级传至洛阳[] 。从此西域降服，汉朝的威势延及帕米尔高原以西的五十多个国家，这些国家纷纷向东汉送纳质子表示臣服[] ，其中西亚国家条支、安息以及远在洛阳四万里外的海滨国家皆翻译双方语言，遣使纳贡[] ，《后汉书》概括为“都护西指，则通译四万”[] 。十一月，鲜卑大都护苏拔廆在任尚的统领下大破北匈奴逢侯单于叛军，斩首一万七千余级[] 。
永元七年（公元95年），刘肇为了表彰班超与苏拔廆的功勋，下诏封班超为定远侯，苏拔廆为率众王。[]
内外政事
永元八年（公元96年）二月，刘肇册立贵人阴氏为皇后（即孝和阴皇后）。到永元十四年（公元102年）六月，他下诏废黜阴皇后，并于十月册立贵人邓绥为皇后。 由于邓绥“有丈夫之性”，刘肇便让她参与并知晓外朝政事[] 。
永元十四年（公元102年）春，安定郡兵攻灭烧何羌部落，西海（青海湖）与大小榆谷之地不再有羌人进攻的可能，刘肇便在其地设立西海郡，发兵驻守，将青海湖及大小榆谷之地纳入版图[] 。十一月，刘肇采纳司空徐