刘肇十分体恤百姓疾苦，多次下诏理冤狱、恤鳏寡、矜孤弱、薄赋敛，告诫上下官吏，要求他们反省造成天灾人祸的自身原因[] 。在他统治时期，东汉国力达到鼎盛，时人称为“永元之隆”[] 。
英年早逝
元兴元年十二月二十二日（公元106年2月13日），刘肇病死于洛阳章德前殿，时年二十七岁。[] 刘肇驾崩后，他出生仅一百余日的儿子刘隆继位，即汉殇帝。
延平元年（公元106年）三月初五日，刘肇被安葬于慎陵（位于今河南孟津），定谥号为孝和皇帝，庙号为穆宗[] 。初平元年（公元190年），经有司奏请，汉献帝废除了刘肇在内的四帝的庙号[] 。
政治
改革察举
汉武帝时期规定，无论郡国大小，每年举孝廉二人，这个规定从汉武帝一直到东汉和帝维持了两百多年，直到刘肇亲政，才进行了改革和完善。[]
当时，人口50-60万的大郡每年举孝廉二人，而人口20万的小郡也是每年举二人，刘肇发现，各郡人口数量不同，而每年分配的名额相同，就造成了选官上的不公平。于是，永元四年（公元92年）刘肇诛杀窦氏外戚后，召开朝会与公卿大臣商议改革措施，最终采纳太尉丁鸿与司空刘方的建议，按照人口数量分配选举名额：人口满20万每年举孝廉一人，满40万每年举孝廉两人，满60万每年举三人，满80万举四人，满100万举五人，满120万举六人。而不满20万的每两年举一人，不满10万的每三年举一人，] 从而促进了汉代察举选官的公平性。
然而，由于幽州、并州、凉州等偏远地区户口相对较少，且处于边境地带，劳役繁重，读书的士子、品行能力出众的官吏进入仕途的路子比较狭窄，刘肇考虑到，安抚这些边远的地区应以人为本。于是，永元十三年（公元101年）刘肇又对察举改革作出了进一步调整，规定：边郡地区，人口10万以上的郡国，每年举荐孝廉一人；不满10万人的，每两年举孝廉一人，5万人以下的，每三年举荐廉一人，[] 从而纠正了边远小郡长期以来也需岁举2人所造成 “蛮夷错杂为数”的负面影响，小边郡与内郡一样，人