选官用贤
刘肇当政时期，多次下诏纳贤[] 。刘肇深知吏治对一个政权的重要性，非常重视官吏的选拔任用。当政时期，曾四次专门下诏纳贤，并且亲自策问，选用官员[] 。
宽和为政
刘肇当政时期，在法制上主张宽刑[] ，任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”[] 。
刘肇对有过失之人，也能根据情况，从宽处理。永元九年（公元97年），窦太后去世。由于宫廷紧守秘密，汉和帝为梁贵人所生的事实始终没予公开。窦太后死后，梁家才敢奏明朝廷，为梁贵人讨一个说法。这时，汉和帝也才知道了自己的身世之谜。但在如何安置窦太后的问题上，三公上奏：“请依光武帝黜吕太后故事，贬窦太后尊号，不宜合葬先帝”。刘肇念及窦太后对自己的养育之恩，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应有所降黜，于是不降尊号，追谥章德皇后，对生母梁贵人、养母宋贵人的问题也都妥善安置。梁贵人被追封皇太后。
爱民为本
刘肇体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。而他也常常以此自责，如永元八年（公元96年）京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”忧民之心，殷殷可见。[] 岭南（今广东地区）出产生龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送”，经风历险，劳民伤财。唐羌上书，请求停止，刘肇批示：“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本？其敕太官勿复受献！”爱民之意，发自肺腑。[]
宦官政策
在刘肇夺回政权的过程中，参与者除了清河王刘庆与大臣丁鸿之外，宦官郑众也帮助刘肇在《汉书·外戚传》中寻找皇帝诛杀外戚的故事，为刘肇的决策提供了更多参考[] 。虽然郑众提出“亟行其诛”的建议并未被刘肇采纳[] ，但当