刘肇夺回权力后，派郑众到皇后所居的长秋宫任职，担任大长秋，成为阴皇后的近侍。而在策勋班赏的过程中，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得刘肇的赞赏。因此，刘肇常与他商量事情。《后汉书》作者范晔认为东汉“中官用权，自（郑）众始焉”[] ，但也有学者提出异议，指出和帝时期宦官郑众并无多大权力，郑众担任的大长秋仅仅是管理后宫事务，郑众本人直到永元十四年（公元102年）才被封为郸乡侯，食邑也只有一千五百户[] ；且宦官封侯并非刘肇首创，西汉时期吕后就曾给宦官封侯[] 。
经济
经济上，刘肇多次下诏赈济灾民[] 、安置流民[] ，并减免赋税[] ；要求勿违农时，以保证农业生产时间[] 。在他统治时期，东汉垦田面积达732万多顷（公元105年），为东汉一代之最；户籍人口达5325万多人[] 。
抚恤百姓
永元五年（公元93年）二月，刘肇下令将京师洛阳上林苑、广成苑的果园借给贫民，让他们随意采摘，不收税。[] 永元十一年（公元99年）二月，刘肇派人巡视各郡国，下令让受灾不能养活自己的人到山林池泽中捕捞采集食物，不收税。[]
永元十六年（公元104年）春正月，刘肇下诏对有田业却匮乏不能自农的贫民，发放粮食种子。夏四月，派三府掾分行四州，为没有耕牛的贫民，提供一定费用为其雇牛耕种，从而促进了牛耕的普及。[]
惩办豪强
永元五年（公元93年）二月，刘肇考虑到去年秋麦收成不好，担心百姓粮食不够，便要求各郡国上报贫困不能自给的户口人数。同时指出“以前郡国上报的贫民，用衣鞋和炊具当饭钱，而豪强却以此谋利。”于是刘肇下旨查办。如果有郡国长官不能亲自耕种，反而愁扰百姓，若有再犯的，二千石的长官先坐牢。