邓太后下诏称“刘祜质性忠孝，小心翼翼，能通诗论，笃学乐古，仁惠爱下。年已十三，有成人之志。亲德系后，莫宜于祜。”又作策命曰：“朕惟侯孝章帝世嫡皇孙(指刘祜)，谦恭慈顺，在孺而勤，宜奉郊庙，承统大业”。宣读完策命后，太尉张禹奉上玺绶，刘祜正式即皇帝位，时年十三岁，邓太后临朝称制。
为了培养刘祜，邓太后让“诸儒多归附”的名儒邓弘到宫禁之中教授刘祜。当时国内灾害连年，人心浮动。在刘祜登基的那一年，就有十八个郡国发生了地震，四十一个郡国发生了水灾，二十八个郡国受风暴和冰雹的袭击，人民困苦不堪。
太后秉政
此时，虽说是刘祜当皇帝，但实际政务大权仍然握在邓太后手中。永初元年（公元107年），刘祜已十四岁。郎中杜根上奏邓太后，说刘祜年龄大，应该独立处理政务。邓太后大怒，命令用布袋将杜根蒙头盖脸套起，用棍棒击杀，然后抛尸城外。杜根装死，逃往宜城山当酒保。十五年后，刘祜亲政，便将杜根召回。同年，大司空周章密谋废黜邓太后和刘祜，改立平原王刘胜为帝。此事被邓太后察觉，邓太后先发制人，于是十一月周章自杀。
在东汉几个得势的外戚集团中，邓氏的表现是比较好的。邓氏兄弟辞让不受封赏，平时也小心谨慎，奉公守法，勤劳王事。这当然与邓太后对她的家族严格要求有关。但即使如此，也不能消除皇权和外戚势力的尖锐矛盾。刘祜虽然年少聪明，但长大后多有不德，邓太后对其逐渐不满意，刘祜的乳母王圣知道这种情况，常与宦官在刘祜面前说邓太后坏话，使刘祜与邓太后离心离德。
元初元年（公元114年）阎姬入宫，刘祜非常宠爱她，封她为贵人。次年（公元115年），立为皇后。阎姬专房妒忌，刘祜临幸了宫人李氏，生下了皇子刘保，阎姬便鸩杀李氏。元初六年（公元119年），邓太后征召济北王、河间王的儿