吕布欲图投降，陈宫等人劝阻吕布，又劝吕布出战，吕布再次战败，退回城内固守。曹操用荀攸、郭嘉之计，决泗、沂之水灌城。十二月，吕布部将魏续、宋宪等生擒陈宫，归降曹操。吕布见大势已去，下城投降。曹操将吕布、陈宫、高顺等人处死，收降吕布部将张辽以及泰山豪杰臧霸、孙观等人，初步控制了徐州。曹操将青、徐二州委托给臧霸等泰山诸将。
当初，曹操统领兖州时，任命东平人毕谌为别驾。后来张邈叛乱，劫走毕谌的母亲、弟弟、妻小，曹操放任毕谌离去，对他说：“你的老母亲在张邈那里，你可以离开。”毕谌叩头表示不会怀有二心，曹操十分赞赏他，并感动地流下了眼泪。但是毕谌出去后，还是选择逃到张邈那里。吕布败亡后，曹操生擒毕谌，众人为他担心，曹操说：“作为人能孝顺他的亲人，不也会忠于他的君主吗！这正是我所需要的人。”于是任命他为鲁国相。
建安四年（公元199年）二月，曹操到达昌邑。张杨的部将杨丑杀死张杨响应曹操，眭固又杀杨丑，率众屯射犬，联合袁绍。[] 曹操把司空之位让给太仆赵岐，朝廷不从。朝廷因曹操讨吕布有功，为他增邑三千户，曹操固辞不受。[] 四月，曹操亲征河内，并派史涣、曹仁击杀眭固。曹操渡河进围射犬，河内太守缪尚与张杨手下长史薛洪率众投降。曹操取得河内郡，把势力范围扩张到黄河以北。
当初，曹操举魏种为孝廉，兖州叛乱时，曹操说：“唯独魏种不会背叛我。”结果魏种叛逃，曹操怒道：“你魏种只要没有南逃越地、北走胡地，我就一定不会放过你！”取得射犬后，魏种被生擒。曹操既往不咎，下令给魏种松绑，并任命他为河内太守，将河北之事委托给他。[
消灭眭固后，为了应对之后与袁绍的战争，曹操预作布置，命在青州有潜在影响的臧霸等人攻入青州，占领齐（治今山东临淄）、北海（治今山东寿光东南）等