这一年，曹操听从枣祗、韩浩等人的建议，开始实行屯田制。刘备遭到吕布袭击，投奔曹操。程昱劝道：“依我看刘备有雄才大略，又深得民心，不会久居人下，不如趁早除掉他。”曹操回答：“如今正是招揽贤才之时，为杀一人而失天下人心，不可。”
建安二年（公元197年）正月，曹操讨伐割据宛城的张绣，驻军淯水。张绣举众投降，旋即复叛，曹操长子曹昂、侄子曹安民、猛将典韦战死（宛城之战）。曹操引兵退还舞阴，张绣派兵来攻，被曹操击退。张绣奔往穰城，与刘表联合。曹操对诸将说：“我收降张绣等人，却犯了没有立即扣押人质的错误，所以遭到了失败。我明白了失败的原因，请大家看着，从今以后我不会再失败了。”之后回到许县。[
割据淮南的袁术僭号，吕布把他的使者送到许县，袁术怒而进攻吕布，结果为吕布所破。九月，袁术侵略陈国，曹操闻讯亲自东征袁术。袁术得知曹操亲自来，便弃军而逃，留桥蕤等四将镇守。曹操到后，斩杀桥蕤等将。袁术渡淮而走，曹操也回到许县。
十一月，曹操南征荆州，到达宛城。刘表部将邓济据湖阳，曹操生擒邓济，湖阳也投降。之后曹操又攻下了舞阴。[]
建安三年（公元198年）正月，曹操回到许县。三月，曹操再次南征，围攻张绣于穰城。四月，曹操所遣的谒者裴茂率中郎将段煨讨李傕，夷三族。五月，刘表派兵救援张绣，并打算截断曹操后路。曹操引军退还，张绣追击，曹操军无法前行，于是结成连营，得以慢慢前进。曹操写信给荀彧说：“贼军紧追我军，虽然我军日行数里，但我算好了，到安众县时，一定能打败张绣。”到了安众县，张绣和刘表联军守在险要地方，曹操军前后受敌。曹操于是派人趁天黑在险要处挖凿一条地道，把辎重物资全部偷运过去，又设下伏兵。天明时，张绣军认为曹操已逃走，全军追赶。曹操便派出步兵、骑兵两面夹攻，把贼军打得大败。七月，曹操回到许都。荀彧问曹操：“