吕布前往徐州投奔刘备，张邈与吕布同行，留张超驻守雍丘。七月，因关中李傕、郭汜的火拼，汉献帝从长安东归。八月，曹操围攻张超于雍丘。十月，献帝正式拜曹操为兖州牧。十二月，曹操攻破雍丘，张超自杀。曹操夷灭张邈三族，而张邈在求救袁术的途中被部下所杀。兖州自此平定，曹操又率军东攻陈国之地。[
建安元年（公元196年）二月，曹操讨平汝南、颍川一带的黄巾军何仪、刘辟等部，献帝封曹操为建德将军。六月，经曹操谋士董昭的劝说，献帝身边的将军杨奉等人表请拜曹操为镇东将军，袭父费亭侯之爵位。
早在初平三年（公元192年），曹操的谋士毛玠就提出了“奉天子以令不臣，修耕植，畜军资”的战略性建议，曹操深以为是。[] 到此时，曹操想迎接献帝，其谋臣大多认为山东尚未平定，而献帝身边的韩暹、杨奉等又骄横难制，所以不赞成迎接，只有荀彧、程昱极力劝迎。最后，曹操决定派曹洪率兵迎接献帝，但被卫将军董承与袁术的部将苌奴据险阻止。[] 建安元年（公元196年）七月，献帝回到洛阳，董承为牵制韩暹等跋扈的将领，又密召曹操来洛阳。八月，曹操来到洛阳，奏明韩暹、张杨之罪，韩暹逃奔杨奉，因护驾之功被献帝特赦，于是曹操杀了侍中台崇、尚书冯硕、议郎侯祈，封董承等十三人为列侯，曹操本人亦领司