左宗棠摆脱了英国人的干涉后，开始了收复南疆的计划。
光绪三年三月左宗棠兵分三路进攻阿古柏布防的重镇达坂城、吐鲁番和托克逊，在不到半月的时间内连克三城，歼灭阿古柏军队一万余人，击溃了阿古柏在南疆的防守重镇。
在清军凌厉的攻势下，阿古柏政权内部发生内讧，阿古柏自杀，阿古柏集团分崩离析。
此时左宗棠收复全疆几乎已成定局，但英国又来“调停”，要求清朝允许阿古柏政权保留喀什葛尔数城，使阿古柏政权以此立国。
光绪三年八月，左宗棠命刘锦棠兵分两路，在不到两个月的时间内，收复了新疆除伊犁地区的所有土地，阿古柏残余势力逃亡沙俄。
左宗棠在收复新疆的过程中多次建议清廷在新疆设省，以加强对新疆的控制。
但此时沙俄仍占领伊犁地区，阿古柏政权的覆灭使沙俄继续占据伊犁的借口不复存在。
但沙俄仍然占据伊犁，不愿放手。清廷不得已，派崇厚与俄国谈判。(本章完)