与此同时，波兰的传统劲敌俄罗斯表示愿意加入反对奥斯曼帝国的“神圣同盟”。在巨大的军事压力下，索别斯基不得不与俄罗斯达成“永久和约”。根据1686年的《永久和约》，波兰确认了1667年《安德鲁索沃停战协定》中规定的领土变更，被迫永久放弃基辅和对俄罗斯的领土要求，并保证波境内东正教徒的信仰自由。尽管这一和约在一定程度上缓解了波兰与俄罗斯之间的紧张关系，但并未得到波兰议会的正式批准，这使得和约的有效性和执行情况变得复杂。
在国内事务方面，索别斯基努力提高国王的地位，但波兰的贵族们依然相互争吵，政治局势异常动荡。索别斯基的长子雅各布为了继承王位而犯上作乱，进一步加剧了国家的不稳定。这种内部的混乱和外部的压力，使波兰几乎陷入了崩溃的边缘。
索别斯基的健康状况也在这一时期持续恶化。长期的军事征战和政治斗争给他带来了巨大的身心负担。1696年6月17日，索别斯基因心脏病在维拉努夫宫逝世，享年66岁。他的去世标志着波兰立陶宛联邦一个时代的结束。1697年，萨克森选帝侯“强者”奥古斯特成功当选波兰国王，称奥古斯特二世，进一步改变了波兰的政治格局。
索别斯基家族在这一变局中也遭受了巨大的打击。索别斯基的长子雅各布因争夺王位失败，家族成员被流放，财产被没收，一无所有。索别斯基的女儿不得不嫁给同样遭受厄运的斯图亚特家族，这一联姻象征着两个没落贵族家庭的联合，也反映了索别斯基家族在政治上的彻底失败。