就在这危急时刻，马塞纳已经赶到战场。他迅速奔到前卫团团长面前，痛斥他和其他军官是胆小鬼，玷污了法国的荣誉，并用佩剑乱打他们。随后，他全速策马驰向那两个惊慌失措的团，命令他们挡住敌人。马塞纳的果断和严厉让这些身经百战的勇士们迅速冷静下来，他们端起刺刀将偷袭的敌人打退。上午10时，马塞纳师及时赶到战场，发动了反攻。法军士气大振，迅速扭转了局势，最终取得了决定性的胜利。在这场战斗中，法军共歼灭敌军人，俘虏7000人，并缴获了几乎所有的大炮。
1797年3月至4月，马塞纳率部向维也纳挺进。然而，由于在占领城市中实施了无耻的掠夺行为，他受到了指控，并被调回巴黎。这一事件对马塞纳的声誉造成了一定的影响。1798年2月，他重新回到意大利军团，但其军队因未发军饷而发生哗变，并将他赶走。11月，他被调往瑞士军团，继续在新的战场上展示他的军事才能。
四、三次苏黎世战役
1799年3月25日，在军团被击败后，接替茹贝尔担任瑞士军团司令。5月，任新成立的多瑙河军团司令，随即和联军展开了着名的三次苏黎世战役：
第一次，1799年6月4日，奥将霍策、查理大公率领人进攻苏黎世，马塞纳指挥名法军打退了奥军，但由于奥军兵力占优势，加上担心瑞士人是否忠诚，他率部于6月7日主动放弃苏黎世，撤向阿里河。第二次，8月14日，马塞纳击败了追赶的查理大公所部，并乘胜追击，准备收复苏黎世，但未能突破奥军防线。第三次，由于查理大公奉调前往荷兰增援英将约克公爵的俄英联军，他的部队调走后留下的空缺由正在意大利作战的俄国元帅苏沃洛夫所部接替。马塞纳抓住战机，派部将莱库尔布率人抢占了苏沃洛夫必经之地——圣特哈尔德山口，把俄军挡在瑞-意边境；9月25日，马塞纳亲自率领的名法军打败了留守苏黎世的俄将科萨科夫率领的联军，使其伤亡8000人，损失100门大炮，法军损失只有联军的1\/2。此战后，联军被赶过了莱茵河。
五、意大利军团司令
1799年11月22日“雾