然而，法军的日子并不好过。由于游击队切断了补给线，法军的非战斗减员极为严重。在西班牙的苏尔特和维克托两位元帅也未对处于困境中的马塞纳提供任何帮助。1811年2月19日，马塞纳考虑到处于半饥饿状态的法军已经无法再支持下去，不得不后撤50公里，退到塔霍河上的圣塔伦。尽管如此，他并未死心，仍然试图引诱英军进攻，但威灵顿不为所动。
1811年3月3日，马塞纳被迫全面撤退。当饱受饥饿的残余部队撤到西班牙时，已经损失了人，其中8000余人被俘，人死于疾病和饥饿，只有2000人是战死的。在这次战役中，西班牙游击队起到了决定性的作用，他们使马塞纳的大军长期困守，无法得到后方的补给，最终只能不战自退。尽管法军撤出了葡萄牙，但仍在其境内保留了阿尔梅达作为据点，以抵挡一阵，阻止英军攻击西班牙。
1811年5月3日，马塞纳在丰特斯-德奥尼奥罗指挥了他军事生涯中的最后一场大会战。他率领法军进攻联军。威灵顿用以后在滑铁卢大放异彩的步兵方阵阻击法军骑兵，用马拉炮兵群机动打击法军，骑兵攻击法军炮兵。尽管双方激战数小时，但最终不分胜负，法军损失2700人，英军损失1800人。对于马塞纳来说，这一切已经结束了。拿破仑一世对他不能打败威灵顿大为不满，派马尔蒙元帅接替了他。
马塞纳在此次战役中的失败标志着他军事生涯的转折点。此后，由于年老体衰，他退出了现役。1815年百日王朝期间，他曾担任马赛军区司令。1815年拿破仑第二次下台后，威灵顿在苏尔特的府邸见到了马塞纳。马塞纳对威灵顿说：“公爵，你欠请我一顿饭，当年你把我们饿得不轻。”威灵顿笑道：“彼此彼此，你也让我没睡几个安稳觉啊。”1817年，马塞纳在巴黎去世，享年59岁。