然而，这种论功行赏的结果并非皆大欢喜，尤其是李适。李适是政变的重要领导人之一，但在政变后仅被任命为汉城府判尹，而相比之下，训练大将李兴立只是被临时收买为内应，在政变时按兵不动，却被特授为工曹判书，最终名列一等功臣，李适则屈居二等功臣。这种明显的不公让李适内心极度不满。
天启四年（1624年）正月十七日，前教授文晦等人告发李适等人心怀不轨。当时，李适以副元帅的身份出镇平安道宁边。仁祖决定先不动他，而是派人逮捕他的儿子李栴和同党韩明琏等人。正月二十四日，李适杀死仁祖派人逮捕他儿子的使者，正式起兵叛乱。李适麾下有余名精锐部队，初期势不可挡，直逼汉城。仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃并率宗亲百官仓皇逃往公州避难。次日，李适入京，拥立兴安君李提（仁祖叔父）为王。
然而，李适的叛乱并没有持续太久。二月初十日，都元帅张晚率领的官军击溃了李适的叛军。李适父子及韩明琏等在逃亡途中被部下所杀。二月十八日，仁祖从公州返回汉城，重新掌控了局势。
李适之乱平息后不久，宗主国明朝方面也传来了对仁祖的利好消息。仁祖在政变后立即派李庆全出使明朝，通报政变之事，并请求明朝皇帝册封他为朝鲜国王。然而，明朝最初认定其为篡位， 延迟 不予册封。在朝鲜使臣的恳求和驻扎朝鲜境内椵岛（皮岛）的明将毛文龙的帮助下，明朝从“联鲜制奴”的战略考虑出发，决定批准仁祖的册封。天启四年（1624年）四月二十日，仁祖从归国使臣那里获得了明熹宗的准封圣旨，翌年六月初三日，由明朝使臣太监王敏政、胡良辅主持册封典礼，仁祖在国内的合法性得以确固。
尽管如此，仁祖治下的形势并不强于光海君时期。百姓生活并未明显改善，失望情绪在朝鲜社会不断蔓延。光海君时期权贵所掠夺的土地，仁祖不但不归还原主，反而听任政变功臣据为己有，人们叹息：“只是变了下主人而已啊！”讽刺