四、两次胡乱
仁祖即位之前，后金已经攻陷了明朝的辽东，并对辽西虎视眈眈。明将毛文龙转进朝鲜境内的椵岛（皮岛），对后金后方构成了威胁。仁祖政变之际，仁祖政权斥责光海君忘恩背德，私通后金，并标榜要同明朝“协力讨虏”。但实际上，仁祖采取了对后金的不刺激政策，维持了几年的和平局面。然而，皇太极成为后金的新任汗后，情况发生了变化。皇太极一直是对朝强硬论者，加之继位后内部不稳，又发生饥荒，需要通过对外战争来转移和缓解矛盾。
天启七年（1627年）正月，皇太极派其堂兄二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时将明将毛文龙列为进攻目标，史称“丁卯胡乱”。后金军无法渡海攻击毛文龙在岛上的据点，但迅速攻陷了毛文龙在陆上的铁山据点。对朝鲜的攻势更是势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。后金军的目的并非占领朝鲜全境，而是迫使朝鲜屈服。双方在短暂交战后展开外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。不久，后金又要求朝鲜 开 市 中江，与之贸易，朝鲜被迫一一答应。
然而，朝鲜与后金之间的关系并未因此缓和。朝鲜给后金输送的“岁币”质量低劣，被皇太极退回；朝鲜答应会宁开市，却迟迟不兑现；朝鲜放任越境采参和狩猎，以及在后金逃人问题上的争端，使得两国关系进一步恶化。更重要的是，朝鲜在明金之间的暧昧关系，一面称臣明朝，一面与明的敌国后金修好，这种双重立场注定不能持久。
崇祯八年（1635年），皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。崇祯九年（1636年）二月，皇太极派龙骨大（英俄尔岱）、马夫大（马福塔）及数十名蒙古人来朝鲜，借春信、吊祭（仁烈王后之丧）为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，仁祖君臣对此反应强烈