李建成心中害怕，不敢前去，议于东宫众臣。
太子舍人徐师谟劝道：今天子在外，太子不如干脆占据京城，发兵起事。
詹事主簿赵弘智急谏阻道：万万不可！今天子禁军及秦王府精兵，多出东宫所辖兵马数倍，且能征惯战之将皆在秦王幕府，岂可妄动！陛下此诏仅为试探而已，太子不如自免车驾章服，屏除随从人员，到仁智宫认罪，则天子疑心自消。
李建成听从赵弘智之谏，决定前往仁智宫请罪。离开长安之后，便将所属官员全部留在六十里外堡栅，只带十多骑进见高祖，伏地叩头认罪。因用力过猛摔出，几乎晕死。
高祖余怒未消，将其囚禁；并遣司农卿宇文颖，速去传召杨文干。
宇文颖来到庆州，却将内里实情皆都告诉杨文干。于是杨文干骇惧，只得起兵造反。
高祖怒不可遏，乃遣左武卫将军钱九陇为帅，灵州都督杨师道副之，合兵攻击杨文干，平其叛乱。一面又传召秦王李世民，商量此事。
李世民道：杨文干狂妄叛逆，其幕府僚属若是不从其反，应已擒杀之矣。若非如此，当遣将伐之。
高祖道：杨文干之事牵连建成，恐响应人数众多。你须亲自前往平叛，归来时我当立你为太子。我今老矣，不愿效隋文帝诛杀己子，以致父子相残。届时可将建成降为蜀王，其地兵力薄弱，难以造乱。若其能够事奉，你应全其性命；如其不肯，你要派兵捉拿，也甚容易。
秦王世民听罢，沉默良久，乃辞父引兵，前往庆州。
高祖担心叛兵突然发难来攻，便连夜率领禁军从南面出山。行未数十里地，太子东宫所属官员相继到来归降投诚，伏地认罪。高祖分派军队包围看守，才又返回仁智宫。
李世民率兵出发以后，李元吉与嫔妃轮番进宫替李建成求情，封德彝又在外朝设法解救太子。高祖心软，复又改变初衷，又让李建成回至京城留守。
杨文干起事之后，迅速攻陷宁州，驱赶劫掠官民出城，并占据百家堡。秦王引军来到，杨文干党羽便全部溃散，继又被部下杀死，以其首级及宁州城投降。
秦王