玄武门之变即息，东宫及齐王宫幕僚遭到清洗，太子洗马魏徵便陷入窘迫境地。
李世民传召魏徵，问道：你为何挑拨我兄弟关系？
魏徵却举止如常，从容答道：若太子早听我言，定不会有今天祸事。
李世民素来器重魏徵才能，听闻此言却不动怒，反以礼相待，荐其担任詹事主薄。又将王圭、韦挺从巂州流放之处召回，命与魏徵一起担任谏议大夫。
复下敕令：命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳；以秦王府护军秦琼为左武卫大将军，程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
至此，秦琼位置复在尉迟恭之上，人皆谓是其谦让结果。
武德九年八月三日，唐高祖重新调整朝中重臣。以高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为左仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。宇文士及为中书令，封德彝为右仆射，前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为左武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。
至此，东宫成员全部控制国家要害部门，太子李世民完全掌握军政大权。
武德九年八月，朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东，许其便宜行事之权。魏徵来到磁州，遇州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。
魏徵说道：我奉命出京之时，太子对东宫与齐王府属官已经一概赦免，不予追究。今又押送李思行等，则太子赦令威信何在！传我命令，将李志安等人一律释放。
太子李世民得知此事，甚为高兴。
八月九日，高祖颁布制书，将帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居大内太极殿。太子坚辞，高祖不许。
次日，李世民在东宫显德殿即位，是为唐太宗。宣布大赦天下，自次年正月改元贞观。
太宗即位，遂下达诏书，追封已故太子李建成为息王，谥号为隐；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，皆以皇家丧礼重新安葬。
太宗在宜秋门大哭一场，极尽哀痛，并应谏议大