2004-05赛季，在德国u17青年锦标赛上，时年15岁的克罗斯帮助罗斯托克赢得亚军，进而引来拜仁慕尼黑球探的青睐。
2006年夏天，克罗斯与拜仁慕尼黑签下一份期限至2011年的业余合同。2006年8月20日，克罗斯第一次代表拜仁慕尼黑u19队出征青年德甲，其生涯处子秀即贡献进球，帮助球队1-0小胜凯泽斯劳滕u19队。当季，克罗斯为拜仁慕尼黑u19队出战22场打入7球，帮助球队成为当季的青年联赛亚军。
2007年7月1日，克罗斯升入拜仁慕尼黑一线队，同时也代表拜仁慕尼黑二队出战德丙联赛。2008年1月，克罗斯获得了足球生涯第一份职业合同，与拜仁慕尼黑的合同期限至2012年夏天。2007-08赛季，克罗斯代表拜仁慕尼黑出场20次，打进1球助攻4次，帮助球队夺得德甲冠军和德国杯冠军。此外，克罗斯代表拜仁慕尼黑二队出场12次，打进3球助攻5次。
2008年11月5日，在欧冠小组赛第4轮中，克罗斯替补出场完成欧冠首秀，帮助拜仁慕尼黑客场1-1战平佛罗伦萨。2009年1月31日，克罗斯以租借方式离开拜仁慕尼黑。
2009年1月31日，克罗斯以租借方式加盟德甲球队勒沃库森，租借合同为18个月。2008-09赛季，克罗斯代表勒沃库森出场13次，打进1球助攻1次。2009-10赛季，克罗斯代表勒沃库森出场35次，打进9球助攻12次。2010年夏天，克罗斯与勒沃库森的租借合同结束，重返拜仁慕尼黑。在勒沃库森效力期间，克罗斯出场48次，打进10球助攻13次。
2010年夏天，克罗斯重返拜仁慕尼黑。2010-11赛季，克罗斯出场37次，打进2球助攻8次。2011-12赛季，克罗斯出场51次，打进7球助攻19次。