于是，神宗就自禁中特遣冯宗道赴御史台覆按本案，归报后，即行定谳。所为处分是：
一、苏轼责授检校尚书、水部员外郎充黄州团练副使，本州安置，不得签书公事。令御史台差人转押前去。
二、绛州团练使、驸马都尉王诜，追两官，勒停（勒令停职）。
三、著作佐郎、签书应天府判官苏辙，监筠州盐酒税务。
四、正字王巩监宾州盐酒务，令开封府差人押出京城，督促赴任。
五、收受有讥讽文字而不申缴官司者，二十二人，各罚铜有差（宋制，犯罪官员可纳铜赎罪）：计张方平、李清臣各罚铜三十斤；司马光、范镇、钱藻、陈襄、刘攽、李常、孙觉、曾巩、王汾、刘挚、黄庭坚、戚秉道、吴琯、盛侨、王安上、周邠、杜子方、颜复、陈珪、钱世雄，各罚铜二十斤。
六、收受无讥讽文字者，不罪。
苏轼于八月十八日入狱，至十二月二十九日出狱，历时四个月又十二日。
据南宋诗人周必大说：元丰己未东坡所供诗案，南宋时已经有印本行世，题为《乌台诗案》。原供真迹，在靖康之变时台吏随驾携至扬州，张全真时为御史中丞，南渡后，取而藏之于家。
全真死，其子乞张丞相德远撰写墓志，割其半赠与德远为润笔。全真家余存的一半，周必大曾借来观看，全部都是苏轼亲笔所写，凡有涂改，皆一一画押于下，而每页纸幅上端，都盖有御史台的大印，是正式的公文档卷。 24
历时千年，此一档卷真迹，当然早已泯灭，即印本的《乌台诗案》，亦不易得见 25 ，而施（元之）注苏诗，逐一系于诗下注中，可以寻绎，但是宋人喜欢穿凿附会，其间杂说甚多，不见得都是真实。