元丰八年（1085），宣仁太皇太后听政，下诏求直言，一时上封事者五千件，司马光看详，以孔宗翰居第一，定国第二，因此得早两年“磨勘”，司马光荐为宗正寺丞。元祐元年八月，本来已有颍州通判的新命，尚未赴任，苏轼荐举他充“节操方正可备献纳科”的制科试，不料为台谏们斥为奸邪，斥为谄事苏轼。这句话非常刺激苏轼，不得不大声驳斥道：“臣与王巩，自幼相知，从我为学，何名谄事？台谏要攻击的是我，王巩受我连累而已，这样无理诬陷，能不令人悚惧？”一阵扰攘之后，王巩终被出为西京通判，他又是苏门中第一个代罪的羔羊。
因此，苏轼和王巩元祐初同在京师的时间，还不到一年。王巩在西京通判任上不过七八个月，二年秋间又转任扬州通判。其时，京师的党争已很激烈，苏轼自己正在进退两难的煎熬中，所以并不希望他回到这红尘滚滚的京朝里来，因作《次韵王定国倅扬州》诗，劝他不要再落红尘，在扬州好好写书：
此身江海寄天游，一落红尘不易收。
未许相如还蜀道，空教何逊在扬州。
又惊白酒催黄菊，尚喜朱颜映黑头。
火急著书千古事，虞卿应未厌穷愁。
然而，定国在扬州不到一年，又被人打下来了，三年秋后，回到汴京。
朝中大老韩绛的母亲，是王巩的姑母，他们两人是姑表兄弟。这几年间，定国命运乖舛，三年瘴疠，万里生还，适逢元祐政局初变，他鼓勇上书，极欲有点作为，自见于世。韩绛身为门下侍郎不是没有汲引定国的能力，但他非常自私，不仅借口亲嫌，不予推荐，眼看他被台谏们斥为奸邪，排挤出京，甚至连个通判的位置都坐不安稳，转徙靡常，无异江湖流落，韩绛也毫不顾问，苏轼很是为他不平。《次韵王定国谢韩子华过饮》诗，通篇都是为定国痛惜，讽刺韩绛的话，流露他对宦途中人的冷酷无情，投出无限的鄙薄。
定国从扬州回来后，十二月初七，是哲宗皇帝的诞辰，提早退衙，天降微雪，苏轼兄弟退朝后，“出门自笑无所诣，呼酒持劝惟君家”，就乘马踏雪往访清虚堂，去看定国的近作。苏轼认为巩作五言，好得出奇。苏辙则追忆十年前，与孙洙（巨源）同访定国，饮酒笑谈通宵，就醉卧他家的旧事，现在