哲宗绍述熙丰新政的这个时代，刚一揭幕，那些见风转舵的言官们，放下在京朝的执政大臣不论，第一个拿来开刀的，即是远在定州的苏轼，这情形甚不可解，有人解释为：其时哲宗已有召章惇为相之意，朝中做官的，都想拿打垮苏轼来作晋见新相的见面礼。果然如此，则章惇对苏轼“欲得之而甘心”的毒念，在当时的官僚社会里，必是尽人皆知的常识了。
苏轼被责知英州为闰四月初三，后二十余日，章惇才到京任职。他一登上相位，果有重议苏轼讪谤罪责之论，续有责授建昌军司马、惠州安置的后命，则章惇对苏轼的恶意，果是事实。
苏轼与章惇交识甚早，同游仙游潭时，苏轼不敢走两谷间的独木桥，章惇平步而过，毫不畏惧。苏轼说笑道：“子厚他日必能杀人。”
元祐初，同在京师，又一类似的故事：
章子厚与苏子瞻少为莫逆交。一日，子厚坦腹而卧，适子瞻自外来，摩其腹以问子瞻曰：“公道此中何所有？”子瞻曰：“都是谋反的家事。” 12
当时戏言，殊不知章惇今日，所要谋反的，所要杀的，却是苏轼。
有人说熙宁八年（1075），章惇知湖州，苏作《和章七出守湖州二首》诗，有“方丈仙人”一联，使章惇疑在讥嘲他的出身，因此结怨。
这话有个故事的背景：章惇的父亲章俞，少年时，行为很不检点，与他早寡的岳母杨氏私通，生了章惇。原想将这私生儿溺毙算了，幸得杨氏之母不忍，劝她留了一手，用一大盒，将这新生儿缄封在内，送与章俞。
章俞推算这孩子的五行（八字）很好，断定将来可以光大门楣，所以雇用乳母，将他养大了。后来登第做官，与苏轼相交，苏作《送章七出守湖州》诗，首联：“方丈仙人出渺茫，高情犹爱水云乡。”章惇疑心是在嘲笑他这不大体面的出身，因此怀恨在心。至绍圣开元，得相天下，遂逼令苏轼渡海，意在报复云云。 13 此说流传甚广，人云亦云，其实不确。
章惇出知湖州后五年，苏轼因诗狱一案，被谪黄州。那时候，忧谗畏讥，非至亲知交，不敢以文字与人，独与章子厚书，坦述自己和弟辙经济窘迫的情况，娓娓详道黄州的生活；可见他们之间的交情依然深切。宰相