元祐初，章惇知枢密院事，与司马光时时发生摩擦，司马不堪虐侮，幸赖苏轼居中调护和疏通，才得稍解。
这许多事实，皆足证明章惇于元祐元年春出知汶州，退出中枢政府之前，与苏轼的交谊还是非常完满的，并无嫌怨。可是，章惇这次离京以后，惇轼之间，确也再无往来形迹。
当然，元祐时期，苏章二人的政治立场不同，内外有别，使他们疏远了，这是非常自然的情势，不足以发生深仇大恨。所以，章惇相天下，首欲除掉并不在朝的苏轼，后又千方百计，非欲置之死地不可，恐怕私怨的成分不大，而是政治夺权的情势下，严重的猜疑所造成的祸患。
问题的症结，恐怕还是在于苏轼与哲宗的关系。
哲宗皇帝生性仁厚，少时有“不践蝼蚁”的美德，所以绝对不是一个毫无人性的帝王，只因年少识浅，感情冲动，心理不太正常，便被小人利用而已。
哲宗的仁厚，从下面的事例可以看得出来。苏辙当廷顶撞，皇帝已经盛怒；但于出知汝州，侍御史虞策以为罪重责轻，乞加远戍时，哲宗便说：“已谪矣，可止也。”吕大防既谪安州，他的哥哥大忠自泾原入朝，哲宗还问：“大防安否？”而且说：“执政欲迁诸岭南，朕独令处安陆（湖北），为朕寄声问之。大防朴直，为人所卖，二三年可复见也。”
可见这青年皇帝，还算是个非常念旧的人。
哲宗之与苏轼，关系更不平常，自他十岁登位以来，苏轼即是侍从的近臣；经筵讲读，师生之间，相处融洽，又与程颐说书不同。翰林学士，职司天子的侍从兼顾问，天子任何行动，翰林学士皆预坐，几乎时时不离左右；至为翰林承旨，更独承天子的密旨，论君臣关系之近密，更无逾于此职者。任何人都会想到，哲宗对这旧臣，不会永远弃置的。即如苏轼已经出知杭州，宫中有派使者赴杭之便，哲宗还悄悄地亲自缄封一包茶叶，密赐苏轼。
更可察知皇上对苏轼的感情，与一般臣工不同。
皇上对于苏轼这种潜在而又深厚的感情，植根于少年时期的信赖心，可以被强烈的报复冲动所迷乱，蒙混于一