然而，此时一支特种部队的组建为刘裕提供了崭露头角的机会，这就是北府兵。
北府兵原是谢玄为应对北方前秦进攻而组建的新军。相比腐朽的正规军，这支由流民所组建的军队更具有战斗力，是各方瞩目的焦点。在谢安、谢玄叔侄相继去世后，北府兵的大权落在了刘牢之手中。
刘裕年轻时砍过柴，种过地，甚至还卖过草鞋，后来就加入了北府兵，在将军孙无终手下做事。凭借着自身的军事天赋，刘裕很快就引起了刘牢之的注意。
公元397年，荆州刺史桓玄起兵造反，东晋实际控制的领土缩小至扬州八郡之地。两年后，孙恩，卢巡起义迅速席卷江东。东晋朝廷派谢安之子、北府军首领谢琰奉命讨伐，立国80余年的东晋进入了灭亡倒计时。
在孙恩之乱中，谢琰因轻敌冒进，不恤士卒，最终被部下所杀。
而久经沙场的刘牢之颇有识人之明，将刘裕提拔为参军，希望他能帮助自己摆平这个烂摊子。时年37岁的刘裕终于等到了人生中的第一个高光时刻。
对于东晋来说，孙恩是一个可怕的名字。他利用五斗米教笼络人心，在数月之间就聚集了数十万之众，席卷江东，给养尊处优的士族子弟带来了灭顶之灾。
可是对于刘裕来说，孙恩的几十万乱军只是一群乌合之众，不足为惧。刘裕作战勇猛，治军严明，而且富有韬略，经常以少胜多。孙恩被打得丢盔弃甲，很快就逃到了海上。
可这边刘裕平定了内乱，那边首都建康就已经改朝换代。公元403年，桓玄逼迫晋安帝禅位，建立了桓楚政权。刘牢之被迫交出兵权，自缢身亡。提拔自己的老上司死了，41岁的刘裕该何去何从呢？
出身寒门的刘裕对司马氏皇族一向没有好感，因此他在桓玄篡位后审时度势，表示愿意归附，得到了桓玄的青睐。然而桓玄虽出身显赫，却无人君之才。
强行改朝换代以后，不仅没有开创一番新气象，反而沉溺于享乐之中，很快就尽失人心。
一年后，42岁的刘裕见桓玄成不了气候，索性就在京口召集北府兵旧部，以讨伐篡逆为名起兵，各地纷纷响应。
不到一年的时间就消灭了桓楚政权，拥立晋安帝复位。作为