崇祯命令孙传庭、洪承畴等剿贼军队全部进京，与清军作战。当时，兵部尚书杨嗣昌非常反对，力争“贼未绝种，成仇川亭，遗留一人”。
崇祯却不听劝谏，果断拒绝。最终，这波瞎折腾直接让已经面临崩溃的李自成等农民军死灰复燃。
之后，孙传庭因为与杨嗣昌不和而遭受排挤，他多次请求面见崇祯帝商讨军国大事都没得到重视，这也使得孙传庭多少有些心灰意冷。
刚好，他因为感冒导致耳朵失聪，请求辞职。在杨嗣昌的影响下，原本就多疑的崇祯认为他是在撂挑子，于是将其逮捕下狱。之后，孙传庭在牢中待了整整三年。
在他被捕入狱的三年期间，李自成、张献忠等人东山再起，农民军逐渐做大，已成燎原之势。关外的形势也急转直下，明清之间的松锦之战也已经开始。
此时的大明朝称得上是内忧外患，岌岌可危。面对每况愈下的局面，崇祯又想到了那个曾经在陕西战场打得风生水起的孙传庭。
一日，崇祯召见孙传庭，询问他剿灭农民军需要多少兵马。而孙传庭由于坐牢多年，并不了解外面的情况，于是说：“我只要5000精兵即可。”然而，殊不知此一时彼一时
曾经被孙传庭打得落花流水的李自成，如今已经今非昔比。等到孙传庭上任后才发现，自己接手的是一个烂到不能再烂的摊子。
由于崇祯给的5000名官兵腐败无能，而原有的秦军官兵在松锦大战等战役中损耗大半，此时的孙传庭几乎无人可用。反观曾被打得只剩18骑的李自成，如今拥兵数十万，实力雄厚。
在了解敌我形势后，孙传庭认为当务之急是兵员和粮饷。于是，他向崇祯帝提出练兵2万、给饷百万的请求。
面对这一请求，抠门的崇祯很不高兴，心想：“你不是说5000人就够了吗？现在怎么又涨价？”
然而，虽然崇祯心生不满，但迫于国内形势的恶化，还是批准了他的请求。不过，条件是要求孙传庭在拿到军饷一个月后，就率兵出潼关围剿李自成。
当时，大明还有点实力的军队只剩三支：一是辽东吴三桂的部队，相对比较精锐，但应付满清都很困难，调到内地根本不可能；