但董仲舒是主张“春秋大一统“的，因此对于刘非的发问，他借古喻今进行了规劝，指出“所谓仁人，是‘正其道不谋其利，修其理不急其功’的人。致力于以德教化民众而使社会风气大变，才是仁的最高境界！所以孔子的弟子即便是小孩也羞于提到五霸，因为五霸是先行欺诈后行仁义。只是耍手段而已，所以不足以被真正有道义的人提及。”暗示刘非不要称霸。董仲舒为江都易王相六年，搞了不少祈雨止涝之类的活动。
皇帝祭祖的地方长陵高园殿、辽东高庙发生了大火，董仲舒认为这是宣扬天人感应的好机会，于是带病坚持起草了一份奏章，以两次火灾说明上天已经对汉武帝发怒。结果奏章还没上，正巧主父偃到董仲舒家做客，看见奏章，因嫉妒董仲舒之才，就把奏章草稿偷走，交给了汉武帝。武帝看后大怒，决定将董仲舒斩首，后怜其才，又下诏赦免，但江都王相却被罢免。从此，董仲舒不敢再说灾异之事，而是干起了老本行，从事教学活动，又教了十年的《公羊春秋》。
公孙弘推荐董仲舒做胶西王刘端的国相，刘端也是汉武帝的哥哥，他比刘非更凶残、蛮横，过去不少做过他国相的人都被杀掉，或毒死。因董仲舒是知名的大儒，刘端对他还比较尊重。董仲舒一直提心吊胆，小心谨慎，唯恐时间长了遭到不测，遂以年老有病为由，辞职回家。从此以后，也就结束了他的仕禄生涯，董仲舒晚年对什么事情都不过问，只是埋头读书、着作。
虽然辞去了官职，但朝廷有大事，还常派人到他家向他请教，董仲舒都有很明确的看法。后来，张汤把询问董仲舒的部分材料，整理为《春秋决狱》一书。董仲舒虽然养病在家，但仍十分关心朝政大事，甚至在临终之前，还写奏章给汉武帝，坚决反对盐铁官营的政策。
董仲舒于家中病卒，葬于西汉京师长安西郊，有一次汉武帝经过他的墓地，为了表彰其对汉王朝的贡献，特下马致意。由此，董仲舒的墓地，又名为“下马陵“。